深表型预测因子
deeppheno的Python项目详细描述
deepheno：预测功能表型单基因缺失
deepheno是一种预测基因表型（HPO类）的方法 基因功能注释（GO类）与基因的关联 表达式值。在
此存储库包含用于生成和训练 Deepheno模型以及评估模型的脚本 性能。在
依赖关系
- 代码是用python3.7开发和测试的。在
- 要安装python依赖项，请运行：
pip install -r requirements.txt
数据
- https://bio2vec.cbrc.kaust.edu.sa/data/deeppheno/-在这里你可以找到数据 用来训练和评估我们的方法。在
- 数据.tar.gz-包含最新数据集的数据文件夹
- 数据-cafa2。焦油gz-CAFA2挑战数据集
- 预测.txt.gz-人类基因的深表型预测
脚本
脚本需要OBO格式的基因本体和人类表型本体。在
- 大学2熊猫.py-此脚本用于从UniProt转换数据 数据库格式为熊猫数据帧。在
- 数据.py-此脚本用于生成培训和 测试数据集。在
- 现象-此脚本用于训练模型
- evaluate_*.py-这些脚本用于计算Fmax、Smin
- GeneDis.groovy公司-此脚本用于计算语义相似度 基因与疾病表型之间
跑步
- 从https://bio2vec.cbrc.kaust.edu.sa/data/deeppheno/data.tar.gz下载所有文件并将它们放入数据文件夹
- 运行
python pheno.py开始训练模型
引文
如果您使用Deepheno进行研究，或将我们的学习算法融入您的工作中，请引用：
马克萨特·库尔曼诺夫，罗伯特·霍恩多夫；《深层现象：预测单基因》 敲除表型。生物活性，https://doi.org/10.1101/839332
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