DeepGOPlus函数预测器
deepgoplus的Python项目详细描述
DeepGOPlus：基于序列的改进蛋白质功能预测
DeepGOPlus是一种预测蛋白质功能的新方法 基于深度神经网络与序列相结合的蛋白质序列 基于相似性的预测。在
此存储库包含用于生成和训练 DeepGOPlus模型以及用于评估模型的脚本 性能。在
依赖关系
代码是用python3.6开发和测试的。 要安装python依赖项，请运行： pip安装-r要求.txt在
数据
- http://deepgoplus.bio2vec.net/data/-在这里你可以找到数据 用来训练和评估我们的方法。在
- 在数据.tar.gz-运行所需的数据预测.sh脚本
- 数据-广州咖啡馆-CAFA3挑战数据集
- 2016年数据。焦油gz-用于将DeepGOPlus与 GOLabeler和DeepText2GO
脚本
这些脚本需要OBO格式的geneology。在
- 大学2熊猫.py-此脚本用于从UniProt转换数据 数据库格式为熊猫数据帧。在
- deepgoplus公司_数据.py-此脚本用于生成培训和 测试数据集。在
- 在deepgoplus.py-此脚本用于训练模型
- evaluate_*.py-这些脚本用于计算Fmax、Smin和AUPR
跑步
- 从http://deepgoplus.bio2vec.net/data/data.tar.gz下载所有文件并将它们放入数据文件夹
- 在系统上安装diamond程序（diamond命令应该可用）
- 跑预测.sh<；input_fasta_filename>；<；results_filename>
DeepGOPlus的在线版本可以在http://deepgoplus.bio2vec.net/上找到
引文
如果您使用DeepGOPlus进行研究，或将我们的学习算法纳入您的工作中，请引用： 马克萨特·库尔曼诺夫，罗伯特·霍恩多夫；DeepGOPlus：从序列改进蛋白质功能预测，生物信息学，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz595
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
