轻量级ASE计算器包装量子浓缩咖啡。
decaf-espresso的Python项目详细描述
#+标题：无咖啡因浓缩咖啡[[https://github.com/vossjo/ase浓缩咖啡][ase浓缩咖啡]]。我们的目标是制作一个简化版，它允许大多数的非交互功能，而不需要太多ASE浓缩咖啡的冗长。该代码的目的是要简短和分割成逻辑部分，以帮助那些谁是新的量子浓缩咖啡学习更容易。大部分的简化来自于将=io=功能扩展到ase，这也意味着需要维护的代码更少。
*优点：
-输入单位是EV（类似于ASE浓缩咖啡）并自动转换。
-所有输入关键字都与Quantum浓缩咖啡相同，以防混淆。见：[[https://www.quantum-espresso.org/doc/input_pw.html][qe inputs]]。
-自动验证（某些）参数，灵感来自于[[https://github.com/jkitchin/vasp][vaspy]]。
-用于简化文档的默认参数的直接记录。
-自动处理为一般群集（slurm，lsf，pbs/torque）分配计算节点划痕，以防止不必要的磁盘IO。
-自动处理一般群集（slurm，lsf，pbs/torque）和k点并行化（npool）的智能分配。
-特定的可执行设置，用于在slac、sherlock和nersc集群上兼容。（开箱即用）
-具有ASE中尚未提供的后处理功能。
-用Python 3编写
-带有大量文档的干代码。
*缺点：*
-ASE Espresso提供的所有后处理功能尚未实现。
-不支持无效率损失的交互式ASE
-目前并非所有参数都经过验证或测试（如DFT+U参数）。
-python 2中的有限测试，不支持继续进行。
*安装
**PIP安装
Decaf Espresso最容易与pip使用：
在本地使用：
**源代码安装
或者，通过在主目录中运行以下命令，可以通过git安装具有最新提交的版本。
在你的~/.bashrc=文件中添加以下行，将~/decaf espresso=添加到你的=pythonpath=中。
\begin_src sh
export pythonpath=~/decaf espresso:$pythonpath
\end_src
通过运行以下命令安装需求和（如果需要，添加=--user=参数）：
我在计算中最常用的参数，但是验证的通用公式很容易被任何人扩展。其基本思想是，如果用户输入参数，则任何在[[/espresso/validate.py][validation module]]中具有类似名称的函数的[[https://www.quantum-espresso.org/doc/input懔pw.html][qunatum espresso input]]都将执行包含的函数。
如果我将计算初始化为：espress的results output org drawero import espresso
calc=espresso（kpts=（1，1，1））
val）：
"将k点测试为"gamma"或列出类似于3个值的值。
当前仅支持自动赋值。
https://www.quantum-espresso.org/doc/input_pw.html；idm4592794051696
"
如果val="gamma"：
返回
断言IsInstance（val，（tuple，list，np.ndarray））
assert len（val）==3
1））
+end_src
+结果：
：回溯（最近一次调用）：
：文件"组织src"，第3行，in<；模块>；
：计算=意式浓缩咖啡（kpts=（1，1））
：文件"/home/jboes/research/decaf意式浓缩咖啡/意式浓缩咖啡/意式浓缩咖啡.py"，第62行，in u init_
：new val=f（self，val）
：文件"/home/jboes/research/decaf espresso/espresso/validate.py"，第226行，在kpts
：assert len（val）==3
：assertonerror
todo：生成一个更有用的验证错误。
**编写验证函数
每个验证函数遵循一个简单的公式：
val）：
"有用的docstring。"
在这里断言一个适当的测试
return updated_val optional
+end_src
where=parameter_name=是quantum espresso参数的确切名称，并且=（calc，val）=始终作为参数传递。这里，=calc=是=espresso=calculator对象，可用于所有其他计算器参数，=val=是用户为给定参数定义的值，可以直接对其进行测试。
验证函数还充当更新某些值的双重角色。例如，量子浓缩咖啡的能量单位是里德堡，但电动汽车更常用于表面科学。因此，任何接受rydbergs的验证函数也将返回和=updated_val=这是从ev转换为rydbergs的值，以便用户可以在ev中指定输入。这牺牲了一些可读性，但避免了在已知值类型的额外列表上循环，帮助保持代码干燥。
*示例脚本
计算器的用法如下所示，用于不同的结构类型。
其他示例即将提供。
**分子松弛
下面的示例将使用一些标准标志来松弛H{2}分子。下面是一些使用的标志的有理数。
-=ecutwfc=：一个必需参数，表示波函数的能量截止。
-=conv_thr=：考虑总能量收敛的阈值。dft最多只能精确到0.1ev左右，因此1e-4应该足以满足大多数用例。
-=消磁=：高斯涂抹系数。这是一种非物理贡献，仅用于帮助具有d-带的原子结构正确收敛。对于分子，我们将其设置为小。
"消磁"：0.01}
atoms=molecular（'h2'，vacuum=6）
calc=espresso（atoms，**parameters）
atoms.get_potential_energy（）
+end_src
*优点：
-输入单位是EV（类似于ASE浓缩咖啡）并自动转换。
-所有输入关键字都与Quantum浓缩咖啡相同，以防混淆。见：[[https://www.quantum-espresso.org/doc/input_pw.html][qe inputs]]。
-自动验证（某些）参数，灵感来自于[[https://github.com/jkitchin/vasp][vaspy]]。
-用于简化文档的默认参数的直接记录。
-自动处理为一般群集（slurm，lsf，pbs/torque）分配计算节点划痕，以防止不必要的磁盘IO。
-自动处理一般群集（slurm，lsf，pbs/torque）和k点并行化（npool）的智能分配。
-特定的可执行设置，用于在slac、sherlock和nersc集群上兼容。（开箱即用）
-具有ASE中尚未提供的后处理功能。
-用Python 3编写
-带有大量文档的干代码。
*缺点：*
-ASE Espresso提供的所有后处理功能尚未实现。
-不支持无效率损失的交互式ASE
-目前并非所有参数都经过验证或测试（如DFT+U参数）。
-python 2中的有限测试，不支持继续进行。
*安装
**PIP安装
Decaf Espresso最容易与pip使用：
在本地使用：
**源代码安装
或者，通过在主目录中运行以下命令，可以通过git安装具有最新提交的版本。
在你的~/.bashrc=文件中添加以下行，将~/decaf espresso=添加到你的=pythonpath=中。
\begin_src sh
export pythonpath=~/decaf espresso:$pythonpath
\end_src
通过运行以下命令安装需求和（如果需要，添加=--user=参数）：
我在计算中最常用的参数，但是验证的通用公式很容易被任何人扩展。其基本思想是，如果用户输入参数，则任何在[[/espresso/validate.py][validation module]]中具有类似名称的函数的[[https://www.quantum-espresso.org/doc/input懔pw.html][qunatum espresso input]]都将执行包含的函数。
如果我将计算初始化为：espress的results output org drawero import espresso
calc=espresso（kpts=（1，1，1））
val）：
"将k点测试为"gamma"或列出类似于3个值的值。
当前仅支持自动赋值。
https://www.quantum-espresso.org/doc/input_pw.html；idm4592794051696
"
如果val="gamma"：
返回
断言IsInstance（val，（tuple，list，np.ndarray））
assert len（val）==3
1））
+end_src
+结果：
：回溯（最近一次调用）：
：文件"组织src"，第3行，in<；模块>；
：计算=意式浓缩咖啡（kpts=（1，1））
：文件"/home/jboes/research/decaf意式浓缩咖啡/意式浓缩咖啡/意式浓缩咖啡.py"，第62行，in u init_
：new val=f（self，val）
：文件"/home/jboes/research/decaf espresso/espresso/validate.py"，第226行，在kpts
：assert len（val）==3
：assertonerror
todo：生成一个更有用的验证错误。
**编写验证函数
每个验证函数遵循一个简单的公式：
val）：
"有用的docstring。"
在这里断言一个适当的测试
return updated_val optional
+end_src
where=parameter_name=是quantum espresso参数的确切名称，并且=（calc，val）=始终作为参数传递。这里，=calc=是=espresso=calculator对象，可用于所有其他计算器参数，=val=是用户为给定参数定义的值，可以直接对其进行测试。
验证函数还充当更新某些值的双重角色。例如，量子浓缩咖啡的能量单位是里德堡，但电动汽车更常用于表面科学。因此，任何接受rydbergs的验证函数也将返回和=updated_val=这是从ev转换为rydbergs的值，以便用户可以在ev中指定输入。这牺牲了一些可读性，但避免了在已知值类型的额外列表上循环，帮助保持代码干燥。
*示例脚本
计算器的用法如下所示，用于不同的结构类型。
其他示例即将提供。
**分子松弛
下面的示例将使用一些标准标志来松弛H{2}分子。下面是一些使用的标志的有理数。
-=ecutwfc=：一个必需参数，表示波函数的能量截止。
-=conv_thr=：考虑总能量收敛的阈值。dft最多只能精确到0.1ev左右，因此1e-4应该足以满足大多数用例。
-=消磁=：高斯涂抹系数。这是一种非物理贡献，仅用于帮助具有d-带的原子结构正确收敛。对于分子，我们将其设置为小。
"消磁"：0.01}
atoms=molecular（'h2'，vacuum=6）
calc=espresso（atoms，**parameters）
atoms.get_potential_energy（）
+end_src
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