ddradseq（双摘要限制性位点相关dna测序）数据集模拟器。生成读取（FASQ格式），可以使用地面实况文件（YAML）进行分析和验证。
ddrage的Python项目详细描述
ddrage（ddrad数据生成器）是一个模拟双摘要限制性位点相关dna序列读取的软件。 生成的数据集可用于测试ddrad分析工具并验证其结果。
文档（包括教程）可以在here中找到。 代码托管在bitbucket、PyPI和bioconda上。
系统要求
- python>；=3.5
- numba
- 努比
- matplotlib
- 皮亚姆
- scipy
对于文档：
- 斯芬克斯
对于参数可视化：
- bokeh
安装
我们建议使用conda进行安装：
$ conda create -n ddrage -c bioconda ddrage
$ source activate ddrage
或者，您可以从bitbucket下载源代码，并使用安装脚本安装它：
$ git clone https://bitbucket.org/genomeinformatics/rage.git ddrage
$ cd ddrage
/rage$ python setup.py install
在这种情况下，您必须安装上面列出的要求。
用法
要模拟ddrad数据集，请从命令行调用ddrage:
$ ddrage
您可以指定参数来更改数据集参数，例如个体数（-n）、位点数（-l）和覆盖率（--coverage）：
$ ddrage -n 6 -l 10000 --coverage 30
这将创建一个数据集，其中包含来自10000个位点的6个个体的读取，预期覆盖范围为30。
可以找到更详细的教程on readthedocs。
引用地址
我们描述地址的论文已经发表在Molecular Ecology Resources。 你可以引用如下：
Timm H, Weigand H, Weiss M, Leese F, Rahmann S. ddRAGE: A data set generator to evaluate ddRADseq analysis software. Mol Ecol Resour. 2018;18:681–690. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12743
bibtex版本：
@article{timm2018ddrage, title={ddrage: A data set generator to evaluate ddRADseq analysis software}, author={Timm, Henning and Weigand, Hannah and Weiss, Martina and Leese, Florian and Rahmann, Sven}, journal={Molecular Ecology Resources}, volume={18}, number={3}, pages={681--690}, year={2018}, url = {http://dx.doi.org/10.1111/1755-0998.12743}, doi = {10.1111/1755-0998.12743}, }
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