DICOM预处理接口。
dcmpi的Python项目详细描述
dcmpi-dicom预处理接口: 探索/提取DICOM数据。
该软件实现了从dicom中自动提取信息的工具。 包含MRI采集的文件。它专门针对输出 西门子的扫描仪,虽然它应该很容易适应其他的 最后甚至是不同的收购方式。
它具有一个图形用户界面来管理最常用的导出选项。 这也由同一软件的cli镜像。
此外,还提供了其他一些命令行工具,它们提供了 更精细地控制单个任务。
可用的任务是:
- dicom拷贝/移动和按采集排序 (包括收购和系列的json摘要)
- dicom元数据提取及json存储实验
- 采集协议信息的提取
- 从dicom中提取对人类友好的信息,存储为json
- 图像数据的提取及nifti格式的转换 (这是通过软件支持的 dcm2nii, 部分支持其他项目,如 isis)
- 从dicom信息创建html报表 (通过wkhtmltopdf支持PDF转换)
- 将DICOM文件备份为压缩存档文件
- 监视文件夹以检测新DICOM文件的外观
后续的数据分析可能最好使用 PyMRT,它本机理解 DCMPI的输出。
注释
这项工作基于dicom文件的逆向工程,因此应该 不能作为可靠的信息来源。 某些功能仅部分受支持。 如果您想推荐其他功能,请联系我们。
警告
这是一个研究工具,按原样提供。 请勿not根据此软件处理的信息进行任何诊断!
安装
建议安装软件的方法是通过 PyPI:
$ pip install dcmpi
或者,您可以从 Bitbucket:
$ mkdir dcmpi
$ cd dcmpi
$ git clone git@bitbucket.org:norok2/dcmpi.git
$ python setup.py install
有关详细信息,请参见INSTALL.rst。
许可证
本作品通过 GPLv3+ 将本软件用于科学目的,并最终出版 应通过引用即将发表的论文予以确认。
致谢
这个软件是我在 Max Planck Institute for Human Cognitive and Brain Sciences和University of Leipzig。
有关作者的完整列表,请参见AUTHORS.rst。
影响这项工作的人在THANKS.rst中得到承认。
这项工作部分由欧盟资助。 通过第七个框架计划玛丽·居里行动 通过“超高场磁共振成像:HIMR” 初始培训网络(FP7-People-2012-ITN-316716)。