用于4DN争吵的脚本和Jupyter笔记本
dcicwrangling的Python项目详细描述
DCIC争论
这是一个脚本和Jupyter笔记本的集合，它们在执行许多数据争用任务时非常有用。大多数工具都是针对4DN核小体争论的需要而设计的，但是可能会被修改为对某些任务更普遍有用。在
安装
使用poetry打包可以使用make、poetry或{
从dcicwrangling目录-make build
如果您已经安装了诗歌-poetry install
或者从PyPi-pip install dcicwrangling进行pip安装
默认情况下会安装所有依赖项-如果出于某种原因您不想安装pytest软件包或invoke（用于启动笔记本电脑），您可以poetry install --no-dev-不推荐。在
使用
Jupyter笔记本电脑
在notebooks/useful_notebooks目录中有一组常用的jupyter笔记本。您可以使用顶层目录中的invoke notebook在本地启动jupyter笔记本服务器。这将启动服务器并打开一个可以访问笔记本的浏览器页面。在
重要！-您应该在notebooks目录中创建自己的文件夹，名为Yourname_scripts。此文件夹是您创建、访问和运行笔记本的地方。如果要从“有用的”笔记本目录中的一个笔记本开始，请创建一个副本并将其移动到您自己的文件夹中。这样可以保持存储库的整洁和组织。请不要在有用的笔记本目录中运行笔记本，并将结果提交到存储库。在
脚本
scripts目录包含一些有用的命令行脚本。可以使用python scripts/script_name --options从顶层目录运行它们。使用--help显示可用选项。一般来说，修改后的版本和定制的脚本不应该提交到存储库中，或者提交给一个单独的非主分支。在
随着脚本的开发和完善，可以添加tool.poetry.scripts指令以方便脚本的使用-请参阅pyproject.toml文件示例。在
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