lc-ms/ms数据的rt比对和肽id置信度更新
dart-id的Python项目详细描述
省道标识
网站：https://dart-id.slavovlab.net
手稿：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/399121v3
开始
依赖性
dart-id需要python>；=3.4（64位-miniconda distribution recommended），并且已经在windows 8/osx mojave 10.14/centos 7/ubuntu 14.04上进行了测试。
安装
pip install dart-id
使用量
DART-ID需要运行YAML格式的配置文件。可在example/config_annotated.yaml中找到带注释的配置文件示例。如果您喜欢，可以在命令行中指定输入文件和输出文件夹。
通过运行：dart_id -h，随时查看命令行参数。
usage: dart_id [-h] [-i INPUT [INPUT ...]] [-o OUTPUT] [-v] [--version] -c
CONFIG_FILE
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i INPUT [INPUT ...], --input INPUT [INPUT ...]
Input file(s) from search engine output (e.g.,
MaxQuant evidence.txt). Not required if input files
are specified in the config file
-o OUTPUT, --output OUTPUT
Path to output folder
-v, --verbose
--version Display the program's version
-c CONFIG_FILE, --config-file CONFIG_FILE
Path to config file (required). See
example/config_example.yaml
示例运行
可以从github:https://github.com/SlavovLab/DART-ID/blob/master/config_files/example_sqc_67_95_varied.yaml下载示例配置文件。
上述配置文件的前几行指定输入文件的路径：
## Input## ==========================input:-/path/to/SQC_67_95_Varied/evidence.txt
您可以从massive:ftp://massive.ucsd.edu/MSV000083149/other/MaxQuant/SQC_67_95_Varied/evidence.txt下载evidence.txt文件。
然后编辑下载文件的路径，并运行以下命令：
dart_id -c config_files/example_sqc_67_95_varied.yaml -o ~/DART_ID/SQC_67_95_varied_20181206
-o参数指向DART-ID的输出文件夹。您也可以在配置文件中指定此路径。
上面指定的数据和配置文件的示例分析在ftp://massive.ucsd.edu/MSV000083149/other/Alignments/SQC_varied_20180711_4/上公开提供。
关于项目
DART-ID是在Slavov Laboratory的Northeastern UniversityBioengineering中开发的项目，由Albert Tian Chen、Alexander Franks（ofUCSB Statistics and Applied Probability）和Nikolai Slavov编写。
此工具的手稿可在BioXiV:https://www.biorxiv.org/content/10.1101/399121v3上使用。
通过电子邮件联系作者：nslavov{at}northeastern.edu。
许可证
DART-ID由MIT license分发。
贡献
请随时通过在GitHub repository中打开问题或请求来对此项目作出贡献。
数据
手稿使用的所有数据都可以在UCSD's MassIVE Repository
图/分析
DART-ID手稿中的图形脚本可以在单独的GitHub存储库中获得，https://github.com/SlavovLab/DART-ID_2018
欢迎加入QQ群-->： 979659372
