晶体学数据结构
crystals的Python项目详细描述
crystals是一个数据结构和算法库，用于以pythonic方式操作抽象晶体。crystals有助于阅读晶体 文件（如.cif和.pdb）提供了对原子位置、散射实用程序的访问，并允许确定对称性。尽管crystals可以单独使用， 它是为了集成到更大的项目中（比如scikit-ued）。
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用法示例
crystals的全部内容是构造晶体和获取有关生成对象的信息。晶体可以从多种来源制造：
- 从磁盘上的文件，例如晶体学信息文件（CIF）；
- 来自90多个结构文件（主要是元素晶体）的内部数据库；
- 来自在线数据库，如RCSB Protein DataBank或 Crystallography Open Database
下面是一个从内部数据库构建水晶的快速示例：
>>> from crystals import Crystal
>>>
>>> vo2 = Crystal.from_database('vo2-m1')
>>> print(vo2) # Short string representation
< Crystal object with following unit cell:
Atom O @ (0.90, 0.79, 0.80)
Atom O @ (0.90, 0.71, 0.30)
Atom O @ (0.61, 0.31, 0.71)
Atom O @ (0.39, 0.69, 0.29)
Atom O @ (0.61, 0.19, 0.21)
Atom O @ (0.10, 0.29, 0.70)
Atom O @ (0.10, 0.21, 0.20)
Atom O @ (0.39, 0.81, 0.79)
Atom V @ (0.76, 0.03, 0.97)
Atom V @ (0.76, 0.48, 0.47)
... omitting 2 atoms ...
Lattice parameters:
a=5.743Ã…, b=4.517Ã…, c=5.375Ã…
α=90.000°, β=122.600°, γ=90.000°
Chemical composition:
O: 66.667%
V: 33.333%
Source:
(...omitted...)\crystals\cifs\vo2-m1.cif >
对称性信息也很容易获得：
>>> print(vo2.symmetry())
{'international_symbol': 'P2_1/c',
'hall_symbol': '-P 2ybc',
'hm_symbol': 'P121/c1',
'international_number': 14,
'hall_number': 81,
'international_full': 'P 1 2_1/c 1',
'pointgroup': 'C2h'}
安装
crystals在python包索引中可用：
pip install crystals
对于conda包管理器的用户，crystals也可以从conda forge频道获得：
conda install -c conda-forge crystals
来源
crystals也可以从源安装：
git clone https://github.com/LaurentRDC/crystals.git cd crystals python setup.py install
也可以使用pip安装最新的开发版本：
python -m pip install git+git://github.com/LaurentRDC/crystals.git
要构建文档，您还需要一些dev-requirements.txt中列出的包。例如，要从源代码构建文档：
git clone https://github.com/LaurentRDC/crystals.git cd crystals pip install -r dev-requirements.txt python setup.py build_sphinx
文件
文档，包括用户指南和详细参考，可以在这里获得：https://crystals.readthedocs.io/
开发
可以使用标准库的unittest模块运行测试：
python -m unittest discover
如果未安装依赖项，则可能会跳过某些可选测试，例如ase。
引文
由于此包是从scikit-ued派生出来的，如果发现crystals有用，请考虑引用以下出版物：
| [1] | L. P. René de Cotret, M. R. Otto, M. J. Stern. and B. J. Siwick, An open-source software ecosystem for the interactive exploration of ultrafast electron scattering data, Advanced Structural and Chemical Imaging 4:11 (2018) DOI: 10.1186/s40679-018-0060-y |
由spglib提供的底层算法在以下出版物中进行了描述：
| [2] | A. Togo and I. Tanaka, spglib: a software library for crystal symmetry search. https://arxiv.org/abs/1808.01590 (written at version 1.10.4). |
已针对cif2cell测试了来自cif文件的结构解析的正确性，详情如下：
| [3] | Torbjorn Bjorkman, CIF2Cell: Generating geometries for electronic structure programs, Computer Physics Communications 182, 1183-1186 (2011) doi: 10.1016/j.cpc.2011.01.013 |
已针对Bio.PDB测试pdb文件的结构解析是否正确，详细信息如下：
| [4] | Hamelryck, T., Manderick, B. PDB parser and structure class implemented in Python. Bioinformatics 19: 2308–2310 (2003) |
原子量报告如下：
| [5] | Meija, J., Coplen, T., Berglund, M., et al. (2016). Atomic weights of the elements 2013 (IUPAC Technical Report). Pure and Applied Chemistry, 88(3), pp. 265-291. Retrieved 30 Nov. 2016, doi:10.1515/pac-2015-0305 |
A确认
这个包裹取决于一些了不起的人的工作。值得注意的是spglib contributors。
支持/报告问题
所有支持请求和问题报告都应该是filed on Github as an issue。
许可证
crystals在bsd 3子句许可下可用。有关详细信息，请参见LICENSE。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
