Python3最大影响估计的实现（Donato等人，2013）
crosstalk-correction的Python项目详细描述
串扰校正
python 3实现Donato et al.’s 2013 maximum impact estimation algorithm 用于校正路径分析中的串扰效应。
这段代码已经在Python3.5上测试过了。
背景
串扰：donato等人。（2013）使用术语串扰指的是 路径运动对彼此的影响（在路径分析方法中 例如丰富性分析、功能类评分和基于拓扑的 方法）由于存在重叠基因。
^ {STR 1 }最大冲击估计< /强>：他们开发了一种校正方法 最大影响估计，考虑到路径之间的重叠。 该方法推断了一个潜在的路径影响矩阵，其中每个基因 只贡献一个途径使用期望最大化技术。
pathcore-t：在pathcore-t中使用串扰校正方法 软件，一个假设生成工具，用于识别共同发生的路径 从无监督的转录组数据分析的结果。由于 关于“串扰”这个术语的混淆，我们称这个过程为 pathcore-t软件和论文中的“基因重叠校正”。
安装
要安装当前的pypi版本（推荐），请运行：
pip install crosstalk-correction
对于最新的github版本，请运行：
pip install git+https://github.com/kathyxchen/crosstalk-correction.git#egg=crosstalk-correction
示例
串扰校正方法用于PathCORE-T （见：feature_pathway_overrepresentation）
在PathCore-T分析环境中串扰校正功能的可视化 可以查看here。
有关详细信息，请参见PathCORE-T pre-print。
包装内容
串扰校正.py
py包含串扰的实现 纠正程序。方法crosstalk_correction包装 最大影响估计算法（方法{TT2}$） 并减少了 运行/解释maximum_impact_estimation的结果。
我们建议直接使用方法crosstalk_correction。 在大多数用例中。
用于不覆盖的最大冲击估计的应用 这个方法，下面的方法也已经公开了 并且可以导入：
- maximum_impact_estimation
- initialize_membership_matrix
- index_element_map
致谢
这项工作得到了宾夕法尼亚生物信息学研究所的支持
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