从crispor网站提取crispr offtarget查找命令行工具
crispor_cli的Python项目详细描述
#crispor-crispr/cas9助手
crispor预测基因组中的非靶点，排列指南，突出问题指南，设计引物并帮助克隆。试试看http://crispr.org
crispor使用bwa，ucsc基因组浏览器的一些工具（twobittofa，bedclip），
各种r包和大量外部包和源代码文件的集合
从已发表的文章中，查看crisporefscores.py文件以获得确切的参考。
包的安装：
使crispor_env
source crispor_env/bin/activate
make devbuild
>安装所需的r库：
sudo rscript-e'source（“https://bioconductor.org/bioclite.r”）；bioclite（c（“limma”）；'
现在在python控制台中键入以下内容：
from crispor_cli import crispor
args和options的说明如下：
args=[<；genome_name>；，<；input_fasta>；，<；output_file>；]
args是一个包含org的列表，fastainfile和guideoutfile的顺序如下：
示例args-
args=['saccer3'，'/input/guide_yeast.fasta'，'/output/yo_guide.tsv']
options是一个字典，其中包含crispor允许的所有额外选项。
示例选项-
options={'offtargetfname'：'/output/yo_off.tsv'，'pam'：'ngg'，'debug'：true，'skipalign'：true}
这里是可以添加到选项字典的键-
选项：
调试-显示调试消息，不要删除临时目录
测试-运行内部测试
要使用的pam-pam motif，默认为ngg。tttn触发特殊的
cpf1行为：不再得分+假设pam
为指南的5'。常见的pam有：
ngg、tttn、nga、ngcg、nnagaa、nggng、nngrrt、nnnngmtt、nnnnnaca
offtargetfname-
将目标信息写入此文件名
maxocc-
maxocc参数，具有更多匹配项的指南被排除在外
不匹配的最大数目，默认值4
BR/> SKIPALIGN-
不对齐输入序列。目标值为
随机匹配，0个不匹配项。
noefffscores-
不计算效率分数
minaltpamscore-
备选pam的最小MIT偏离目标分数，默认值为
1.0
genomedir-
带基因组的目录，默认值。/基因组
```
请参见http://svmlight.joachims.org/
*ssc:no license specified
*primer3:gpl2.
*fusi/doench score:see license.txt，（c）by microsoft research
*crispor.py和crisporeffscores.py本身在gplv3下发布，请参见license.txt
crispor预测基因组中的非靶点，排列指南，突出问题指南，设计引物并帮助克隆。试试看http://crispr.org
crispor使用bwa，ucsc基因组浏览器的一些工具（twobittofa，bedclip），
各种r包和大量外部包和源代码文件的集合
从已发表的文章中，查看crisporefscores.py文件以获得确切的参考。
包的安装：
使crispor_env
source crispor_env/bin/activate
make devbuild
>安装所需的r库：
现在在python控制台中键入以下内容：
from crispor_cli import crispor
args和options的说明如下：
args=[<；genome_name>；，<；input_fasta>；，<；output_file>；]
args是一个包含org的列表，fastainfile和guideoutfile的顺序如下：
示例args-
args=['saccer3'，'/input/guide_yeast.fasta'，'/output/yo_guide.tsv']
options是一个字典，其中包含crispor允许的所有额外选项。
示例选项-
options={'offtargetfname'：'/output/yo_off.tsv'，'pam'：'ngg'，'debug'：true，'skipalign'：true}
这里是可以添加到选项字典的键-
选项：
调试-显示调试消息，不要删除临时目录
测试-运行内部测试
要使用的pam-pam motif，默认为ngg。tttn触发特殊的
cpf1行为：不再得分+假设pam
为指南的5'。常见的pam有：
ngg、tttn、nga、ngcg、nnagaa、nggng、nngrrt、nnnngmtt、nnnnnaca
offtargetfname-
将目标信息写入此文件名
maxocc-
maxocc参数，具有更多匹配项的指南被排除在外
不匹配的最大数目，默认值4
BR/> SKIPALIGN-
不对齐输入序列。目标值为
随机匹配，0个不匹配项。
noefffscores-
不计算效率分数
minaltpamscore-
备选pam的最小MIT偏离目标分数，默认值为
1.0
genomedir-
带基因组的目录，默认值。/基因组
```
请参见http://svmlight.joachims.org/
*ssc:no license specified
*primer3:gpl2.
*fusi/doench score:see license.txt，（c）by microsoft research
*crispor.py和crisporeffscores.py本身在gplv3下发布，请参见license.txt
欢迎加入QQ群-->： 979659372
