两点相关函数(2pcf)计算

correlcalc的Python项目详细描述


correlcalc
==


使用红移调查。它可用于任何假定的
几何或宇宙学模型。使用balltree算法来减少大型数据集的
计算量,比暴力
方法更快。它以红移(z)、赤经(ra)和赤纬
(dec)星系数据和红移测量给出的随机星表作为输入。如果未提供随机目录,它将根据输入的红移分布和描述测量几何图形的.ply格式的扭曲多边形文件生成所需的
大小之一。它还计算
各向异性2pcf。可选地,它使测量的healpix映射提供可视化。

installation
----


要在
终端中安装此包,请键入"``pip install correlcalc``"。如果此方法不起作用,请下载此git存储库并在终端中输入包含setup.py的文件夹,然后键入"``pip install.`"或"
"``python setup.py install`"

如果没有根权限,则可以通过添加用户来安装``"在上述命令的末尾

如果您已经安装了较旧的版本,则可以通过
"``pip install correlcalc--upgrade``命令进行升级

.
如果通过PIP安装,则应自动安装。在这种情况下,如果
某些依赖项不会自动安装。
依赖项的列表可以在setup.py文件中看到,以便手动安装它们。
如果有任何问题,请随时提出问题。"healpix-util"
来自http://github.com/esheldon/healpix-util的包在pip上不可用。因此,需要按照上述章节中的


install from git repository的命令手动安装该程序。理论
----


选项*

可在arxiv:1710.01723上获取,网址为https://arxiv.org/abs/1710.01723。


如果您使用此软件包或此处提供的"配方",请引用相同的内容


----

<2pcf
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

jupyter笔记本"使用correlcalc
example.nb"和"main.py`


correlcalc中的所有方法都可以使用以下命令导入:correlcalc import中的

在6mpc的步骤中,0-180mpc之间的关联,我们称为


``bins=np.arange(0.002,0.06,0.002)```


>使用输入数据文件计算2pcf(ascii和fits文件均受支持),使用``tpcf``方法如下

``correl,poserr=tpcf('/path/to/dat file.dat',bins,randfile='/path/to/randomfile.dat',weights='eq')``

泽)。为此,

``correl,poserr=tpcf('/path/to/datfile.dat',bins,maskfile='/path/to/maskfile.ply',weights=true,randfact=3)```


这将返回对应于
两点相关和poisson错误的``correl``和``poserr``numpy``数组


~~~~~~~~~~~~~~~~~~

根据需要,可以包含以下关键字参数

(必须)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^


galaxy/quasar redshift survey的数据文件必须作为第一个
参数传递给``tpcf``和``atpcf``方法。

**支持的文件类型**:都支持带列的ascii文本文件、csv文件或
fits文件。SDSS增值目录提供的大多数文件都应该可以直接使用。

**要包含**:提供的任何类型的文件都必须至少有名为**z**(红移)、**ra**(赤经)、**dec**(赤纬)的列。
这些列名在任何情况下都可以使用。

ds要使用``weights=true``选项(必须获得准确的
结果),数据文件还必须包含具有列
标题**径向权重**或**权重系统**

bins(强制)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

a numpy array with ascending values in:math:`c/h^u 0` units must be
作为``tpcf``和``atpcf``方法的第二个参数提供。
对于``atpcf``方法,它会自动创建2d容器,从提供的1d ``bins``

``randfile=``到随机文件的路径(半可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

如果未提供,``maskfile=``参数必须给定`.ply``文件。

**支持的文件类型**:都支持带列的ascii文本文件、csv文件或
fits文件。SDSS增值目录提供的大多数文件都应该可以直接使用。

**要包含**:提供的任何类型的文件都必须至少有名为**z**(红移)、**ra**(赤经)、**dec**(赤纬)的列。
这些列名在任何情况下都可以使用。

ds要使用``weights=true``选项(必须获得准确的
结果),数据文件还必须包含径向权重,列
标题**径向权重**或**权重**系统**

**beta测试:*增加了对其他列标题权重的beta支持。

在随机编录生成过程中,从n(z)计算权重。

`` mask=``损坏多边形文件的路径(半可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^包含扭曲多边形的文件
以标准格式描述测量几何图形。sdss增值目录提供的
大多数文件都应该可以直接使用。

``randfact=``(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^


默认值为``2`

``weights=``(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^


强烈建议使用weights参数,提供
``weights=true``或``weights='eq``以获得精确的两点相关计算。这将从提供的数据和随机文件中提取指定格式的径向权重(列标题为**径向权重**或**权重系统**)


`weights=```\eq'``设置相等的权重,因此加上*+1*-此实现是并行的,比```\weight更快ts=false\`
大多数机器上的实现

如果"weights=false``",则默认情况下,将为bin中找到的每个
galaxy/随机对添加*+1*,而不是添加总权重。
有关权重和引用的详细信息,请参见http://www.sdss3.org/dr9/tutorials/lss\\u galaxy.php

``geometry="flat``(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

**可用选项**:

```` flat````````(默认)-对于宇宙的平坦几何体

`` open`````-对于milne

`` close``-对于封闭宇宙

**自定义n**

营养生理杂志
615(2)(2004)573*。利用本文的公式,在上述所有几何图形的metrics.pyx文件中计算距离平方
(为了减少额外的计算时间,计算距离平方
以避免每次使用昂贵的"sqrt"函数)。或者实现在构建balltree计算cdist时获得更快的结果,并减少查询时间。此外,对于关闭的
和打开的案例,需要在"metrics.pyx"中手动更改此
引用中给出的公式中的**k**(曲率参数)。更改此命令后,使用
``python metricsetup.py build-ext--inplace``

``cosmology='lcdm```(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

```lcdm```(默认值)编译它,用于计算从红移到同一移动的距离。


**可用选项**:

cdm模型:数学:`r_h=ct`和线性滑行模型

**添加**:``wcdm``和其他流行的宇宙学模型

``estimator=```(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
**可用选项**:


``dp`-davis peebles估计器(默认值-最快)

``ls``-landy-szalay估计器

``ph``-peebles-hauser估计器

``hew``-hewitt估计器

``h``-hamilton估计器

tropic(3d)2pcf
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

jupyter笔记本"使用correlcalc
example anisomic.nb"和"main.py`


correlcalc imp中的所有方法都可以使用以下命令导入ORT*``

我们首先需要定义BIN(在:数学上:`C/H_0`单位)来计算2pcf。
例如,要以6mpc为步长计算0-180mpc之间的相关性,我们可以说


``BINS=np.arange(0.002,0.06,0.002)``

要使用输入数据文件(ascii和fi)计算各向异性2pcfts
支持文件),使用``atpcf``方法,如下所示

``correl3d,poserr=atpcf('/path/to/dat file.dat',binspar,binsper,randfile='/path/to/randomfile.dat',vtype='sigpi',weights=true)``

提供`.ply``格式的mangle mask文件,并用数据目录大小的倍数指定目录大小(默认为2x大小)。为此,

``correl3d,poserr=atpcf('/path/to/datfile.dat',binspar,binsper,maskfile='/path/to/maskfile.ply',vtype='smu',weights='eq',randfact 3)```

或者

keyword arguments
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

``方法。

**支持的文件类型**:都支持带列的ascii文本文件、csv文件或
fits文件。SDSS增值目录提供的大多数文件都应该可以直接使用。

**要包含**:提供的任何类型的文件都必须至少有名为**z**(红移)、**ra**(赤经)、**dec**(赤纬)的列。
这些列名在任何情况下都可以使用。

ds要使用``weights=true``选项(必须获得准确的
结果),数据文件还必须包含具有列
title**radial\'u weight**或**weight\'u systot**

binspar(必选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

th:`c/h_0`单位(对于
距离)或:math:`\delta z`根据`'vtype``的选择,必须
作为``atpcf``方法的第二个参数提供。


binsper(必需)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

` z\delta\theta` or:math:`\mu=\cos\alpha`必须
作为``ATPCF`方法的第三个参数提供。

``randfile=``随机文件的路径(半可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
如果没有提供,则必须给出``maskfile=``参数.

**支持的文件类型**:包含列的ascii文本文件、csv文件或
fits文件都受支持。SDSS增值目录提供的大多数文件都应该可以直接使用。

**要包含**:提供的任何类型的文件都必须至少有名为**z**(红移)、**ra**(赤经)、**dec**(赤纬)的列。
这些列名在任何情况下都可以使用。

ds要使用"weights=true"选项,数据文件还必须
包含带有列标题的径向权重**径向权重**或
**权重系统**

**beta测试:*增加了对其他列标题的权重的beta支持。

g随机目录
生成。

`` mask=``损坏多边形文件的路径(半可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
如果未提供,则必须提供`` randfile=``参数。

**支持的文件类型**:`.ply``包含损坏多边形的文件
以标准格式描述测量几何图形。sdss增值目录提供的
大多数文件都应该可以直接使用。

``randfact=``(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^


默认值为``2`

``weights=``(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^


强烈建议使用weights参数,提供
``weights=true``或``weights='eq``以获得精确的两点相关计算。这将从提供的数据和随机文件中提取指定格式的径向权重(列标题为**径向权重**或**权重系统**)


`weights=```\eq'``设置相等的权重,因此加上*+1*-此实现是并行的,比```\weight更快ts=false\`
大多数机器上的实现

如果"weights=false``",则默认情况下,将为bin中找到的每个
galaxy/随机对添加*+1*,而不是添加总权重。
有关权重和引用的详细信息,请参见http://www.sdss3.org/dr9/tutorials/lss\\u galaxy.php




^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^





``` vtype=`` vtype=``` ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^`(默认)-CA在s-mu中计算2pcf

``sigpi``-使用平行和垂直距离计算2pcf

```ap``计算小的2pcf:math:`\delta\theta`和
:math:`z\delta\theta`。但是结果可以转换为任何选择的宇宙学模型(参考:https://arxiv.org/pdf/1312.0003.pdf)


**自定义**


>计算平行和垂直方向距离的公式取自https://arxiv.org/pdf/1312.0003.pdf。使用本文中的
公式,:math:`\delta z`和:math:`z\delta\theta`在上述"metrics.pyx"文件中计算。`` cython`
被选择用于实现,以在构建计算"cdist"的"balltree"时获得更快的结果,并减少"查询"时间。

更改此组件后使用python metricsetup.py build_ext--inplace`

**添加:**


>直接计算服务水平和垂直于服务水平的距离,以支持标准模型宇宙学和其他流行模型。
目前,需要手动转换角度箱到物理
距离以获得近似结果

``Cosmology='LCDM'``(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

``-对于:数学:`r_h=ct`和线性滑行模型

**要添加**:``wcdm``和其他流行的宇宙学模型很快

``geometry=-flat```(可选)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^

**用于计算一对物体之间的共运动距离

**可用选项**:r/>
`````````````````````````````````````````````````````````
``````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````````ls'``-landy-szalay估计

``ph``-peebles-hauser估计器

``hew``-hewitt估计器

```h```-hamilton估计器

有关估计器公式的详细信息,请参见
https://arxiv.org/pdf/1211.6211.pdf

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