CoreTracker 1.5.3

关于

coretracker检测密码子从 连续应用一组基因组的蛋白质序列 不同的算法。这是一种过滤方法 可能从输入集中重新分配每个基因组，并保留 只有最有前途的一个。

有关软件包、安装和教程的详细信息如下 在这里提供==>；http://udem-lbit.github.io/CoreTracker/

安装

首先安装依赖项，这些依赖项包括gfortran，PyQt4muscle、mafft和hmmer。PyQt4还需要Sip和 qt。使用特定于发行版的 包装。

现在可以下载github项目并使用 python setup.py install或pip（pip install coretracker）。

我建议通过virtualenv设置虚拟环境。

或者，也可以使用conda安装它，这是 最简单的方法：conda install -c maclandrol coretracker。

有关安装的帮助，请访问Coretracker: Installation

基本帮助

安装后，运行coretracker -h获得帮助。

执行的一个例子是：

coretracker -t speciestree.nw -p protein.ali -n nucsequences.core --gapfilter 0.4 --iccontent 0.3  --idfilter 0.5  --norefine--wdir outdir --params param.yml

可以使用--params选项设置其他参数。见 提供的模板 （param.yml）。

引文

如果您使用CoreTracker，请引用：

Noutahi E, Calderon V, Blanchette M, Lang FB, El-Mabrouk N. CoreTracker: accurate codon reassignment prediction, applied to mitochondrial genomes. Bioinformatics. 2017 Jun 26;33(21):3331-9.

@article{noutahi2017coretracker,
  title={CoreTracker: accurate codon reassignment prediction, applied to mitochondrial genomes},
  author={Noutahi, Emmanuel and Calderon, Virginie and Blanchette, Mathieu and Lang, Franz B and El-Mabrouk, Nadia},
  journal={Bioinformatics},
  volume={33},
  number={21},
  pages={3331--3339},
  year={2017},
  publisher={Oxford University Press}
}