解析从头组装产生的多个fasta文件的实用程序包
contig-tools的Python项目详细描述
#contig tools
安装
````
pip3安装contig tools
```
`
`
`
`
```
``` ` `
用法：contig tools[-h[-v]{过滤，度量，检查度量` ` `…
/>一个包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包指标}
以下命令可用。键入
contig_tools<；command>；-h获取有关特定
命令的更多帮助
根据长度和/或覆盖率筛选筛选contigs
度量打印contig度量
检查contig度量检查contig度量
可选参数：
-h，-帮助显示此帮助消息并退出
-V，--版本显示的版本号显示的版本号为
````
>
`` `
` ` ` ` ` `
contigg tools filter-l 500-c 3-f contiggs.fasta
` ` ` `
**打印contigg指标**
` ` ` ` ` ` `
` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `
/>` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `-o个json
```
**根据yaml文件中包含的条件检查contig是否满足条件**
示例yaml文件
```
n50分数：
条件类型：gt
条件值：10
最大contig:
条件类型：gt
条件值：15
总长度：
条件类型：lt
条件值：
-100
-50
````
示例命令500bp
-总长度
-%gc
-最大contig
-n50分数
可使用的条件是
-gt=>；大于
-lt=>；小于
-lt=>；小于或大于
安装
````
pip3安装contig tools
```
`
`
`
`
```
``` ` `
用法：contig tools[-h[-v]{过滤，度量，检查度量` ` `…
/>一个包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包包指标}
以下命令可用。键入
contig_tools<；command>；-h获取有关特定
命令的更多帮助
根据长度和/或覆盖率筛选筛选contigs
度量打印contig度量
检查contig度量检查contig度量
可选参数：
-h，-帮助显示此帮助消息并退出
-V，--版本显示的版本号显示的版本号为
````
>
`` `
` ` ` ` ` `
contigg tools filter-l 500-c 3-f contiggs.fasta
` ` ` `
**打印contigg指标**
` ` ` ` ` ` `
` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `
/>` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `-o个json
```
**根据yaml文件中包含的条件检查contig是否满足条件**
示例yaml文件
```
n50分数：
条件类型：gt
条件值：10
最大contig:
条件类型：gt
条件值：15
总长度：
条件类型：lt
条件值：
-100
-50
````
示例命令500bp
-总长度
-%gc
-最大contig
-n50分数
可使用的条件是
-gt=>；大于
-lt=>；小于
-lt=>；小于或大于
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