细胞命运获取的上下文感知分析
context-explorer的Python项目详细描述
谢谢你过来（ ^_^）o自自o（^_^ ）
注意包安装名称已更改为context-explorer
（连字符）并且运行程序的命令现在是ctexplorer以前
两者都是context_explorer（下划线）。
上下文资源管理器
Context explorer有助于分析和可视化从 细胞的显微镜图像。
相关性
context explorer中的分析方法主要关注细胞的数量 受其微环境的影响，包括细胞的局部变异 信号和细胞密度。对于科学家来说，没有 以前的编程经验来量化这些变量，尽管它是 与许多研究领域相关。促进这类分析有助于 世界各地的科学家提高对细胞行为的理解 加速他们的研究。
概述
Context Explorer通过图形用户界面进行控制，旨在
支持对从
面向广大科学观众的显微镜图像上下文资源管理器可以在
与许多其他工具一起使用，因为它只依赖于正确的格式
CSV文件作为输入，只输出常用的文件格式（.csv，.jpg，
.png，和.pdf）
安装
可以通过包管理器conda或pip安装上下文资源管理器，或者
通过gitlab上的源代码。建议使用conda得到
已启动，请先下载并安装Anaconda Python
distribution（3.x版）。这个遗嘱
将Python与用于科学
计算和conda包管理器继续使用conda
图形程序Anaconda Navigator或命令行：
水蟒领航员
- 通过在“开始”菜单中搜索打开
Anaconda Navigator。 - 单击
Channels按钮并添加“joelostblom”作为新频道 - 使用左侧的导航窗格切换到
Environments选项卡。 - 将下拉菜单从“installed”更改为“all”，以查看尚未安装的包 安装在您的系统上。
- 搜索“上下文资源管理器”
- 单击左侧的复选框并选择“标记以便安装”。
- 点击右下角的
Apply，点击对话框 安装context-explorer。 - 要运行程序，请从“开始”菜单中打开
Anaconda Prompt（或 在OS X和Linux上使用终端），输入ctexplorer，然后按回车键。
命令行
- 如果您使用的是windows，请从“开始”菜单打开
Anaconda Prompt。 在MacOS和Linux上，您可以使用默认终端（例如terminal.appOn 而不是Anaconda Prompt。 - 键入
conda install -c joelostblom context-explorer，然后按回车键。 - 安装完成后，键入
ctexplorer运行程序 然后按回车键。
使用conda
更新
水蟒领航员
单击与安装过程中相同的复选框，然后选择“标记为更新”， 然后点击右下角的“应用”。
命令行
conda update context-explorer
使用上下文资源管理器
如果您是上下文资源管理器的新手，请首先下载the sample
data
（右键单击“链接”->；“另存为”）。通过键入ctexplorer启动上下文资源管理器
在终端/Anaconda Prompt中，选择示例文件（或您自己的
从文件选择器。你只要开始测试
上下文浏览器！
注意终端窗口中的输出消息 上下文资源管理器详细的文档和工作流示例可在 这是documentation page。 还有a brief video tutorial关于如何 使用软件。
支架
如果你遇到麻烦，请check the issue list看看 如果你的问题已经被报告了。如果没有，请打开新问题或ask for help in the gitter chat。
贡献
欢迎反馈和建议！这不一定是 代码相关，不要害羞=）请阅读the contributing guidelines 开始吧。
路线图
有关项目方向的概述，请参见the project wiki
行为准则
热情、友好、耐心；直接、尊重；理解和
从分歧和不同的角度学习；以身作则；要求
在不确定的时候提供帮助；给予人们怀疑的好处；简单的道歉可以
一段很长的路；用你选择的话来体贴。详细说明
这些点可以在
^{
已知问题
错误输出：
objc[42840]: Class FIFinderSyncExtensionHost is implemented in both
/System/Library/PrivateFrameworks/FinderKit.framework/Versions/A/FinderKit
(0x7fff9d6a3c90) and
/System/Library/PrivateFrameworks/FileProvider.framework/OverrideBundles/FinderSyncCollaborationFileProviderOverride.bundle/Contents/MacOS/FinderSyncCollaborationFileProviderOverride
(0x1c279d2cd8). One of the two will be used. Which one is undefined. ```
解决方案：
此错误与CE无关，似乎源于 所讨论的macos here 以及here它显示 因为CE使用Qt文件对话框来选择输入文件
欢迎加入QQ群-->： 979659372
