特定条件规定
ConSReg的Python项目详细描述
consreg
特定条件的规定
入门
一。安装
1.1所需包装
1.1.1Python
- python=3.6
- numpy==1.16.2
- scipy==1.1.0
- 熊猫=0.21.1
- joblib=0.11
- rpy2==2.8.6
- 网络x>；=2
- sklearn=0.19.1
- 间隔树==2.1.0
1.1.2 r
- Chipseeker==1.16.1
- 岩芯==1.0.1
- gglasso==1.4
- rrf==1.9
- R>；=3.5.1
1.2 R安装
1.2.1安装r
如果尚未安装r，则可以按照以下步骤从源代码生成r。否则，您可以跳过本节，从1.2.2开始
首先，禁用任何conda环境（如果有活动环境）。
conda deactivate
从cran（https://cran.r-project.org/）下载r源代码。你可以使用任何你喜欢的版本。建议使用R版本>；3.0.0。这样可以确保rpy2与r一起正常工作。
# Download R 3.6.1
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
解压缩下载的文件
tar -zvxf R-3.6.1
在解压缩文件夹中，按以下方式配置r：
./configure prefix=path_to_install_R --enable-R-shlib
--prefix=指定要安装r的可写目录。--enable-R-shlib标记已添加到生成r共享库。
在解压缩文件夹中，编译r
make
将r安装到指定目录：
make install
在~/.bashrc中添加一行，告诉操作系统在哪里查找r
exportPATH=path_to_R_bin_directory:$PATH
将以下行添加到~/.bashrc。这是为了告诉rpy2在哪里寻找动态库。
exportLD_LIBRARY_PATH=/home/alexsong/R/3.6.1/lib64/R/lib:$LD_LIBRARY_PATH
将更改应用于环境变量PATH和LD_LIBRARY_PATH：
source ~/.bashrc
1.2.2安装r包
consreg需要几个r包：ChIPseeker、CoReg、gglasso和RRF。
建议在安装r包时停用任何conda环境，因为它可能会添加特定于环境的路径，这可能会导致安装失败。如果任何Conda环境处于活动状态，您可以通过以下方式将其停用：
conda deactivate
要从bioconductor安装ChIPSeeker，请在r中键入以下命令（对于r 3.6或更高版本）：
if (!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ChIPseeker")
对于较旧版本的r，请在r中键入以下命令：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("ChIPseeker")
有关详细信息，请参阅here中描述的说明。
要从github安装CoRegpakcage，请在r环境中键入以下命令：
install.packages("devtools")library(devtools)install_github("LiLabAtVT/CoReg")
有关详细信息，请参阅CoReg项目的github页面：
link
要从cran安装gglasso包，请在r环境中键入以下命令：
install.pacakges("gglasso")
有关详细信息，请参阅链接here。
要从cran安装RRF包，请在r环境中键入以下命令：
install.pacakges("RRF")
有关详细信息，请参阅链接here。
1.3 python安装
我们建议用户使用anaconda为consreg创建一个新的python环境，并在此环境中安装consreg。这可以保证consreg以正确的依赖关系工作。但是，也欢迎在没有conda环境的情况下安装consreg。
使用conda创建新环境：
conda create --name consreg python=3.6
激活新环境
conda activate consreg
然后可以使用pip:
安装consregpip install ConSReg
有时rpy2在导入python时可能会抛出错误消息。这个问题可能会出现，因为rpy2是用与在python中导入时链接到的版本不同的r版本构建的。要解决此问题，您可以删除rpy2软件包，然后使用“no cache dir”标志重新安装它：
pip install ConSReg --no-cache-dir
您可以参考https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html了解有关安装和使用水蟒的更多信息。
2.示例数据集
示例数据集可以在data文件夹中找到。
三。分析
我们提供了用于分析位于该项目根文件夹中的两个jupyter笔记本中的示例数据集的代码：bulk_analysis.ipynb（对于bulk rna seq和单细胞分析.ipynb（用于单细胞rna序列数据）。
四。出版物
consreg目前正在genome research进行审查。我们很快将提供我们手稿的预印本。
齐松，李继英，沙美玛·阿克特，露丝·格雷恩，宋丽。利用整合的基因组数据精确预测拟南芥的条件特异性调控图谱（综述）
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