包装PYHGNC以在不同基因标识符之间执行映射的包
compath-hgnc的Python项目详细描述
该软件包支持跨不同蛋白质/基因标识符的映射。
引文
格雷卡,耶茨B,海豹RL,莱特MW,布鲁福德EA。genenames.org:2015年的HGNC资源。2015年核酸研究 1月43日(数据库问题):D1079-85。doi:10.1093/nar/gku1071。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25361968
安装
compath_hgnc可以通过PyPI轻松安装 在您喜爱的终端中执行以下代码:
$ python3 -m pip install compath_hgnc
或者来自GitHub上的最新代码,使用:
$ python3 -m pip install git+https://github.com/compath/compath_hgnc.git@master
设置
hgnc可以从python repl或自动安装的命令行下载和填充 公用事业。
Python复制
>>>importcompath_hgnc>>>compath_hgnc_manager=compath_hgnc.Manager()>>>compath_hgnc_manager.populate()
命令行实用程序
compath_hgnc populate
致谢
- 这个包在很大程度上依赖于Andrej Konotopez的包PyHGNC和 Bio2BEL HGNC。