分子模拟与分析程序的集合变量模块
colvars的Python项目详细描述
#集合变量模块（colvars）
实现了各种函数和算法，包括基于热力学力的自由能估计器，非平衡功和概率分布。
[vmd]（http://www.ks.uiuc.edu/research/vmd/）。请检查[此处]（https://github.com/colvars/colvars/releases）查看vmd和namd的整数版本中包含哪些colvars版本。colvars与lamps的集成几乎是连续的，大多数情况下是在代码发生重大变化后立即进行的。
\documentation
[colvars网页]（http://colvars.github.io/）包括这三个代码的用户文档，以及基于多氧基的[开发人员文档]（http://colvars.github.io/doxygen/html/）。
参考文章是：
g.fiorin、m.l.klein和j.héin，分子物理学111，3345（2013）。
http://dx.doi.org/10.1080/00268976.2013.813594\[[bibtex文件]（https://github.com/colvars/colvars/blob/master/doc/ref_fiorin_2013.bib？raw=true）\]\[[尾注文件]（https://github.com/colvars/colvars/blob/master/doc/ref_fiorin_2013.ciw？raw=true）\]
在namd中：
```
cv configfile<；colvars configuration file>；
````
vmd中的colvars：
``````
cv molid top
cv configfile<；colvars configuration file>；
````
```````
fix colvars all colvars configfile<；colvars configuration file>；
```
配置文件的内容在所有程序中通常都是相同的，例如：
```
colvar{定义一个新变量
名称d必须为该变量命名
宽度0.2；估计的波动幅度和/或网格分辨率，"w"d"
距离{#这个变量是质心之间的距离（coms）
group1{atomnumbers 1 2 3}；列出第一组的原子
group2{atomnumbers 4 5 6}；列出第二组的原子
}
}
harmonic{定义一个调和势，1/2*k*（d-d0）^2/w-d^2
colvars d；将其应用于变量"d"
中心5.0；电势中心，"d0"
力常数10.0，"k"
````
请参见[示例]（https://github.com/colvars/colvars/tree/master/examples？raw=true）此存储库的文件夹。配置选项（特别是原子的选择）只需要很少的更改就可以反映每个模拟的细节。
[测试]（https://github.com/colvars/colvars/tree/master/tests？raw=true）文件夹还包含colvars配置的函数段，用于构建代码精度和稳定性的数值测试。请在生产运行中随意使用这些段。
或者通过git克隆它：
```
git克隆https://github.com/colvars/colvars.git
```
，并针对任何受支持程序的解包源树运行提供的"update colvars code.sh"脚本：
```
./update-colvars-code.sh/path/to/namd_x.yy_source；#更新namd
./update-colvars-code.sh/path/to/vmd-x.y.z；更新vmd
./update-colvars-code.sh/path/to/lammps；更新lammps
```
并重新编译它们。
"update colvars code.sh"脚本与每个程序的最新版本同步：[namd nightly build]（http://www.ks.uiuc.edu/development/download/download.cgi？packagename=namd）、[vmd-cvs]（http://www.ks.uiuc.edu/research/vmd/doxygen/cvsget.html）和[lammps]的github存储库（https://github.com/lammps/lammps）。不支持早期版本。
所有错误修复都是通过"master"分支发布的，该分支在任何给定时间都被视为"*stable*"发布。输入语法是*向后兼容*输出文件是*向前兼容*。随时下载colvars并更新namd，根据需要，vmd或lammp。
其他分支机构致力于开发特定功能：请自行使用。
##许可证
本软件在GNU Lesser General Public许可证第3版下分发。有关完整的许可条款，请参阅copying.lesser。
实现了各种函数和算法，包括基于热力学力的自由能估计器，非平衡功和概率分布。
[vmd]（http://www.ks.uiuc.edu/research/vmd/）。请检查[此处]（https://github.com/colvars/colvars/releases）查看vmd和namd的整数版本中包含哪些colvars版本。colvars与lamps的集成几乎是连续的，大多数情况下是在代码发生重大变化后立即进行的。
\documentation
[colvars网页]（http://colvars.github.io/）包括这三个代码的用户文档，以及基于多氧基的[开发人员文档]（http://colvars.github.io/doxygen/html/）。
参考文章是：
g.fiorin、m.l.klein和j.héin，分子物理学111，3345（2013）。
http://dx.doi.org/10.1080/00268976.2013.813594\[[bibtex文件]（https://github.com/colvars/colvars/blob/master/doc/ref_fiorin_2013.bib？raw=true）\]\[[尾注文件]（https://github.com/colvars/colvars/blob/master/doc/ref_fiorin_2013.ciw？raw=true）\]
在namd中：
```
cv configfile<；colvars configuration file>；
````
vmd中的colvars：
``````
cv molid top
cv configfile<；colvars configuration file>；
````
```````
fix colvars all colvars configfile<；colvars configuration file>；
```
配置文件的内容在所有程序中通常都是相同的，例如：
```
colvar{定义一个新变量
名称d必须为该变量命名
宽度0.2；估计的波动幅度和/或网格分辨率，"w"d"
距离{#这个变量是质心之间的距离（coms）
group1{atomnumbers 1 2 3}；列出第一组的原子
group2{atomnumbers 4 5 6}；列出第二组的原子
}
}
harmonic{定义一个调和势，1/2*k*（d-d0）^2/w-d^2
colvars d；将其应用于变量"d"
中心5.0；电势中心，"d0"
力常数10.0，"k"
````
请参见[示例]（https://github.com/colvars/colvars/tree/master/examples？raw=true）此存储库的文件夹。配置选项（特别是原子的选择）只需要很少的更改就可以反映每个模拟的细节。
[测试]（https://github.com/colvars/colvars/tree/master/tests？raw=true）文件夹还包含colvars配置的函数段，用于构建代码精度和稳定性的数值测试。请在生产运行中随意使用这些段。
或者通过git克隆它：
```
git克隆https://github.com/colvars/colvars.git
```
，并针对任何受支持程序的解包源树运行提供的"update colvars code.sh"脚本：
```
./update-colvars-code.sh/path/to/namd_x.yy_source；#更新namd
./update-colvars-code.sh/path/to/vmd-x.y.z；更新vmd
./update-colvars-code.sh/path/to/lammps；更新lammps
```
并重新编译它们。
"update colvars code.sh"脚本与每个程序的最新版本同步：[namd nightly build]（http://www.ks.uiuc.edu/development/download/download.cgi？packagename=namd）、[vmd-cvs]（http://www.ks.uiuc.edu/research/vmd/doxygen/cvsget.html）和[lammps]的github存储库（https://github.com/lammps/lammps）。不支持早期版本。
所有错误修复都是通过"master"分支发布的，该分支在任何给定时间都被视为"*stable*"发布。输入语法是*向后兼容*输出文件是*向前兼容*。随时下载colvars并更新namd，根据需要，vmd或lammp。
其他分支机构致力于开发特定功能：请自行使用。
##许可证
本软件在GNU Lesser General Public许可证第3版下分发。有关完整的许可条款，请参阅copying.lesser。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
