libclustalo的python包装
clustalo的Python项目详细描述
这只是clustal omega的一个简单的python包装器 (http://www.clustal.org/omega/),在工作台内部使用,但随意打开 消息来源,如果对任何人都有帮助的话。也可通过以下途径获得:
pip install clustalo
需要安装1.2.0版的libclustalo。在Linux上,建议您 自行构建和安装:
cd clustal-omega-1.2.0 ./configure --with-pic --with-openmp make && sudo make install
安装此软件包之前。
对osx的支持还没有完全实现,主要是因为openmp不受支持 叮当作响。Homebrew仍在1.1.0上,因此需要编译和安装 Clustalo 1.2.0您自己(–不带OpenMP)。您还需要修改 setup.py文件,以便在安装时忽略gomp和-fopenmp。
用法
from clustalo import clustalo input = { 'seq1': 'AAATCGGAAA', 'seq2': 'CGGA' } aligned = clustalo(input) # aligned is a dict of aligned sequences: # seq1: AAATCGGAAA # seq2: ----CGGA--
目前,假设输入序列没有对齐(即没有 取消分配选项)。请参阅clustalo.clustalo.__doc__或文件clustaslo/clustalo.c 用于文档。