用于从cluspro提交和下载作业数据的库。
cluspro-api的Python项目详细描述
用于提交作业和 从ClusPro下载结果
安装
确保您有pip,然后运行:
pip install --user cluspro_api
或
[sudo] pip install cluspro_api
只有在全局安装时才需要sudo如果使用--user选项,则二进制文件 将在$HOME/.local/bin中。我们建议使用水蟒(https://www.continuum.io)。
用法
提交作业
向俱乐部提交对接作业:
cluspro_submit --receptor <path to receptor pdb file> --ligand <path to ligand pdb file>
这将提示您输入用户名和api密码,可在api选项卡上找到。 在登录cluspro之后。这些将存储在您家中的.clusprorc文件中 目录。
选项:
$ cluspro_submit --help Usage: cluspro_submit [OPTIONS] Jobs are expected to be in one of four "modes": docking with a provided ligand PDB ID or PDB file, docking in multimer mode (using --multimer), or peptide docking (using --pepmot and --pepseq). If using multimer mode add --multimer and specify dimer or trimer (ex. --multimer dimer or --multimer trimer). If using peptide mode supply both the peptide motif and sequence (ex. --pepmot KXRRL --pepseq KGRRL). If using dimer classification mode add --dcmode and provide the chain(s) that define the potential dimer interface (ex. --rec-chains and --lig-chains). Mixing options from these four modes is not supported and will result in an error message. Options: --username TEXT --secret TEXT --coeffs PATH Coefficients file [Advanced] --rotations PATH Rotations file [Advanced] -j, --jobname TEXT Will default to job number -a, --antibodymode Use Antibody mode [Advanced] -o, --othersmode Use Others mode [Advanced] --receptor PATH Upload a PDB file --ligand PATH Upload a PDB file --recpdb TEXT 4-letter PDB code --ligpdb TEXT 4-letter PDB code --pepmot TEXT Peptide motif --pepseq TEXT Peptide sequence --pepexclusion TEXT List of PDB ids to exclude from motif search --rec-chains TEXT Chains to use, for example "A B"(in double quotes) --lig-chains TEXT Chains to use, for example "A B"(in double quotes) --rec-mask PATH Receptor mask [Advanced] --lig-mask PATH Ligand mask [Advanced] --rec-attraction PATH Receptor attraction [Advanced] --lig-attraction PATH Ligand attraction [Advanced] --rec-dssp Remove unstructured terminal residues in receptor [Advanced] --lig-dssp Remove unstructured terminal residues in ligand [Advanced] --restraints PATH Upload restraints file [Advanced] --saxs-file PATH Upload SAXS profile [Advanced] --masknoncdr Automatically mask non-CDR region, Antibody mode only [Advanced] --multimers [dimer|trimer] Multimer mode [Advanced] --dcmode Use Dimer Classification mode --help Show this message and exit
如果您编写的脚本在循环中提交作业,请提交不超过50个作业 每批(然后等到这些作业完成后再提交更多作业)。请暂停 每批作业提交间隔5-10秒
运行cluspro_submit将打印出cluspro作业id,您应该记录并使用它 以后下载你的工作结果
下载结果
从已完成的作业下载结果:
cluspro_download <jobid>
您可以同时下载多个作业:
cluspro_download <jobid1> <jobid2> <jobid3> ...
结果将保存在运行命令的目录中