用于从cluspro提交和下载作业数据的库。

cluspro-api的Python项目详细描述


用于提交作业和 从ClusPro下载结果

安装

确保您有pip,然后运行:

pip install --user cluspro_api

[sudo] pip install cluspro_api

只有在全局安装时才需要sudo如果使用--user选项,则二进制文件 将在$HOME/.local/bin中。我们建议使用水蟒(https://www.continuum.io)。

用法

提交作业

向俱乐部提交对接作业:

cluspro_submit --receptor <path to receptor pdb file> --ligand <path to ligand pdb file>

这将提示您输入用户名和api密码,可在api选项卡上找到。 在登录cluspro之后。这些将存储在您家中的.clusprorc文件中 目录。

选项:

$ cluspro_submit --help

Usage: cluspro_submit [OPTIONS]

 Jobs are expected to be in one of four "modes": docking with a provided
 ligand PDB ID or PDB file, docking in multimer mode (using --multimer), or
 peptide docking (using --pepmot and --pepseq). If using multimer mode add
 --multimer and specify dimer or trimer (ex. --multimer dimer or --multimer
 trimer). If using peptide mode supply both the peptide motif and sequence
 (ex. --pepmot KXRRL --pepseq KGRRL). If using dimer classification mode add
 --dcmode and provide the chain(s) that define the potential dimer interface
 (ex. --rec-chains and --lig-chains). Mixing options from these four modes
 is not supported and will result in an error message.

Options:
  --username TEXT
  --secret TEXT
  --coeffs PATH               Coefficients file [Advanced]
  --rotations PATH            Rotations file [Advanced]
  -j, --jobname TEXT          Will default to job number
  -a, --antibodymode          Use Antibody mode [Advanced]
  -o, --othersmode            Use Others mode [Advanced]
  --receptor PATH             Upload a PDB file
  --ligand PATH               Upload a PDB file
  --recpdb TEXT               4-letter PDB code
  --ligpdb TEXT               4-letter PDB code
  --pepmot TEXT               Peptide motif
  --pepseq TEXT               Peptide sequence
  --pepexclusion TEXT         List of PDB ids to exclude from motif
                              search
  --rec-chains TEXT           Chains to use, for example "A B"(in double
                              quotes)
  --lig-chains TEXT           Chains to use, for example "A B"(in double
                              quotes)
  --rec-mask PATH             Receptor mask [Advanced]
  --lig-mask PATH             Ligand mask [Advanced]
  --rec-attraction PATH       Receptor attraction [Advanced]
  --lig-attraction PATH       Ligand attraction [Advanced]
  --rec-dssp                  Remove unstructured terminal residues in
                              receptor [Advanced]
  --lig-dssp                  Remove unstructured terminal residues in ligand [Advanced]
  --restraints PATH           Upload restraints file [Advanced]
  --saxs-file PATH            Upload SAXS profile [Advanced]
  --masknoncdr                Automatically mask non-CDR region, Antibody mode only [Advanced]
  --multimers [dimer|trimer]  Multimer mode [Advanced]
  --dcmode                    Use Dimer Classification mode
  --help                      Show this message and exit

如果您编写的脚本在循环中提交作业,请提交不超过50个作业 每批(然后等到这些作业完成后再提交更多作业)。请暂停 每批作业提交间隔5-10秒

运行cluspro_submit将打印出cluspro作业id,您应该记录并使用它 以后下载你的工作结果

下载结果

从已完成的作业下载结果:

cluspro_download <jobid>

您可以同时下载多个作业:

cluspro_download <jobid1> <jobid2> <jobid3> ...

结果将保存在运行命令的目录中

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

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