基因分支间对比保守性位点的检验。
CladeCompare的Python项目详细描述
安装
正确的安装方式如下:
python setup.py install
如果您安装了setuptools,则依赖于生物井的依赖项 biopython , biofrills , 系统将自动获取并安装scipy和reportlab。
或者,如果您有肌肉,cladecompare可以为您对齐序列。 hmmer3 或 mapgass 已安装。
如果安装了依赖项,则可以使用此软件包, 没有安装。只需下载源代码(git clone,或下载 zip文件并将其解压缩),并在系统中包含顶级目录 路径,或将符号链接添加到cladecompare.py、cladereport.py和cladeweb.py 到您路径中的现有目录(例如 ~/bin )。
测试
最后,如果您使用的是类unix系统(即linux、mac或cygwin),则可以 通过运行测试套件来验证您的安装。切换到 测试/ 目录并运行 make :
cd test make
如果cladecompare安装正确,程序将以多种模式运行 并生成输出文件。在Web浏览器中查看 .html 文件以查看 发生了什么事。