获取给定雪茄绳的坐标。孟冠良，见https://github.com/linzhi2013/雪茄坐标。
cigar-coordinates的Python项目详细描述
雪茄坐标
1简介
cigar_coordinates是获取给定雪茄串坐标的工具。雪茄是按照参照顺序。孟冠良，见https://github.com/linzhi2013/cigar_coordinates。
cigar_coordinates了解以下雪茄字符：
seq - - - N N N O O O
refseq - N O N - O O N -
cigar P n D B u U M N I
2安装
pip install cigar_coordinates
将在与您的pip命令相同的目录下创建命令cigar_coordinates。
3用法
$ cigar_coordinates
usage: cigar_coordinates [-h] -c <STR> [-s <INT>] [-q] [-d {+,-}]
To get the coordinates of a given CIGAR string.
By Guanliang MENG, see https://github.com/linzhi2013/cigar_coordinates.
I understand the following CIGAR types:
seq - - - N N N O O O
refseq - N O N - O O N -
cigar P n D B u U M N I
The output coordinates are closed intervals.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-c <STR> input CIGAR string
-s <INT> the start coordinate on the sequence, whatever the gene
direction is, this option is always the smaller one. [1]
-q the '-s' option is about query sequence, not refseq [True]
-d {+,-} the gene direction [+]
4示例
对于基因：nd1；len=945；[2444:3389]（+）
$ cigar_coordinates -c 6D166M268N511M -s 2444
6D 2444 2444
166M 2444 2609
268N 2610 2877
511M 2878 3388
5作者
孟冠良
6引用
目前我没有计划发布cigar_coordinates。
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