从标记文件和脚本创建r标记文件。
catren的Python项目详细描述
python包catren
使用catren可以在
- 您的终端或
- 您最喜欢的python环境（例如PyCharm或Visual Studio Code）。
python包由4个函数组成：
catrmd，它允许输入文件输出R Markdown（rmd）文件。render，它调用rmarkdown::render来创建各种输出文件（例如html文档）。catren，它结合了catrmd和render的功能。rmdtor，它使用knitr::purl将rmd转换为r脚本。
以上所有函数都适用于Python和R代码，除了跳过Python块的rmdtor
要运行包含R和Python代码的Rmd文件，需要reticulateR包
以r（render和rmdtor）开头的函数依赖于rmarkdown和knitr，
r由Yihui Xie编写的包。
除了python之外，catrmd函数没有依赖关系，
所有其他函数（render、catren和rmdtor）都需要r。
安装
pip install catren
或者克隆repo，例如git clone https://github.com/marskar/catren，并在本地使用，例如python catren.py header.yml README.md plot.py notes.txt，或者使用setup.py安装，例如python setup.py install
基本用途：端子
在终端
中用catrmd创建R标记文件
catrmd函数的工作方式类似于nbuild。提供所有源文件作为参数，例如
catrmd header.yml intro.md letters.R notes.txt plot.py
catrmd的默认输出文件名是cat.Rmd默认情况下，输入和输出文件位于当前目录（'./'）
您可以为未呈现的rmd（-u）提供更具描述性的文件名，并设置不同的输入（-i）和输出（-o）文件路径：
catrmd header.yml intro.md letters.R notes.txt plot.py --unrendered raw.Rmd --output_path rmarkdown/
# Or
catrmd header.yml intro.md letters.R notes.txt plot.py -u raw.Rmd -o rmarkdown/
如果希望以后使用RStudio输出r笔记本，则yaml头应包含html_notebook作为输出类型（提示：按ctrl/cmd+shift+k）。
---title:"Untitled"output:html_notebook---
来自rmarkdownR包的render函数允许您使用output_format参数动态指定输出类型
基本用法：python环境
# You can import any or all of the functions from the catren package.# You can also import each function individuallyfromcatrenimportcatrmdfromcatrenimportrenderfromcatrenimportcatrenfromcatrenimportrmdtor# The above imports all 4 functions# This can also be done with either of the two lines below.fromcatrenimportnbuild,nbexec,nbless,catrmdfromcatrenimport*# Another alternative is to import the package and use it as a namespace.importcatrenascr# Use individually# To make an Rmd file, use catrmdcatrmd(["header.yml","intro.md","letters.R","plot.py","notes.txt"],output_path="rmarkdown/")# catrmd will also work with Python scripts.catrmd(["header.yml","README.md","plot.py","notes.txt"],output_path="notebooks/")# Or to run both catrmd and render at once, use catrencatren["README.md","plot.py","notes.txt"],nbexec_path="notebooks/")# Use nbless as a namespacecr.catrmd(["header.yml","intro.md","letters.R","plot.py","notes.txt"],output_path="rmarkdown/")
您还可以使用reticulater包在r环境中运行catren函数。
缺少依赖关系？
如果您使用Anaconda安装了python和r，那么您应该已经拥有了所有依赖项（python和r-essentials）。
如果没有，或者安装了Miniconda，请运行
conda install -yc r r-essentials
键入的文件名太多？
可以使用ls命令将当前目录中的所有相关名称分配给变量，并将此变量作为参数传递给nbconvert.py。
为了保持顺序并区分应该合并到笔记本中的文件，我建议用零填充您的文件名（例如01_intro.md，02_figure1.py）
请考虑以下示例：
touch {01..09}.py name_list=`ls 0*.py` python catrmd.py `echo$name_list`
在python环境中，我建议os.listdir获取所有文件的列表：
fromosimportlistdirfromos.pathimportisfile,joinonlyfiles=[fforfinlistdir(mypath)ifisfile(join(mypath,f))]
欢迎加入QQ群-->： 979659372
