衣壳：计算病原体序列鉴定
capsid的Python项目详细描述
衣壳
capid（计算病原体序列识别）是一个综合的开源平台，它集成了用于人类基因组和转录体中病原体序列识别和特征描述的高性能计算管道、可扩展的结果数据库和基于用户友好的网络用于管理、查询和可视化结果的软件应用程序。
项目负责人文森特·费雷蒂 开发团队ivan borozan、philippe laflamme、shane wilson、stuart watt
如果在工作中使用capid或其代码，则下载和使用capid是免费的 请参考github主页https://github.com/capsid来确认翻船。 这对我们很重要，因为获得拨款是资助计划的一个重要途径 以及我们项目的实施。如果你觉得衣壳对你的研究有用 可以让我们知道。
开始
您将需要一个mongodb数据库、一个python 2.7安装和一个java web服务器。有关详细信息，请阅读wiki:
https://github.com/capsid/capsid/wiki/
许可和版权
根据GNU通用公共许可3.0版授权。有关详细信息，请参见许可证。
版权所有2011安大略省癌症研究所。
确认
这个项目是由安大略省癌症研究所资助的。 （OICR）由加拿大安大略省政府提供资金。
新闻
1.6.2
发布日期：2014年7月16日
- 强制使用pymongo version==2.8
1.6.1
发布日期：2014年9月16日
- 为病毒添加分类表
- 增加了GRA（基因组相对丰度）计算
- 现在计算的指标是i）仅与病原体对齐的读取（不包括同时与人类ref对齐的读取（即数字减法））和ii）同时与病原体和人类ref对齐的读取
- 仅当对齐为正确的对时，从人工引用对结束BAM文件的成对读取才被视为有效
- 将过滤方法从fastq的折叠和过滤改为过滤
- 修正了在减法过程中读取Xeno文件时与RAM使用有关的错误
1.4.3
发布日期：2012年10月2日
1.4.2
发布日期：2012年9月2日
- 删除Mongokit依赖项
1.4.1
发布日期：2012年7月4日
- 修复长时间运行的统计查询的光标超时
1.4.0
发布日期：2012年6月1日
- 在运行时添加统计信息，而不是在结束时添加所有统计信息
- 将基因的唯一ID保存为uid
1.3.0
发布日期：2012年2月28日
- 在mapped for as标记中添加新字段
- 将基因映射到NCBI页面
- 将最大样本覆盖率用于项目最大覆盖率
- 添加计时器以等待文件在相交时折叠完成
- 使用路径/到/文件输入不再中断相交
1.2.6
发布日期：2012年2月6日
- 构建映射读取时，减法过滤掉未映射的内容
1.2
发布日期：2012年1月20日
1.1
发布日期：2011年11月25日
- 添加对端读取的支持
1.0.1
发布日期：2011年10月19日
- 增加了对MongoDB身份验证的支持
1.0
发布日期：2011年10月12日
- 初始版本
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