camembert-bri 0.0.2

卡门贝

使用pysam集成的https://github.com/jts/bri的Cython包装器。在

安装

从pip存储库

pip install camembert-bri

来源

conda方法（推荐）

^{pr2}$

pip方法

# optional virtualenv:
virtualenv camembert
source camembert/bin/activate

# Installation
pip install -r requirements.txt
python setup.py install

示例

美国石油学会

构建读取索引

fromcamembertimportBrib=Bri(bam_file)b.create()

检索读数

fromcamembertimportBrib=Bri(bam_file)b.load()forreadinb.get(read_name):print(read.to_string())# read is of type pysam.AligmentSegment

命令行接口

包括一个命令行界面，它模拟了原始的bri CLI命令。有关用法，请参阅

camembert --help
camembert <subcommand> --help

构建读取索引

camembert index bam_file.bam

检索读数

camembert get bam_file.bam read_name

标签：

• 项目

欢迎加入QQ群-->： 979659372

推荐PyPI第三方库

• megalus

  docker和docker compose的命令行帮助程序

• playlistingscraper

  一个命令行工具，它在google play商店中显示应用程序的列表细节，并将其保存在json文件中。

• unicornhat

  Python Library for Unicornhat/Phat

• screencastwriter

  screencast writer是screencast助手工具

• js.jquery_option_tree

  jquery选项树的fanstic封装

• ssrr

  rtmp服务器的简单流反射器

• markdown-css

  标记css是一个命令工具，用于将css样式转换为标记内联样式

• odoo9-addon-analytic-department

  分析部门分类

• pygments-pytest

  pygments lexer用于pytest输出。

• js.namespace

  fanstic包提供一个用于声明名称空间的小js库。

• meterplugin

  面向python的truesight脉搏计插件sdk

• python-vpic

  vpic api的简单包装。

• multipla

  插件处理系统

• get

  http获取dict

• smtp_faker

  SMTP Faker—用于开发的SMTP服务器