修饰dna、rna和蛋白质的明确表达
bpforms的Python项目详细描述
BpForms：用于具体描述非标准dna、rna和蛋白质的工具包
BpForms是一组工具，用于具体表示主 生物聚合物的非标准形式的结构，如氧化的DNA， 甲基化RNA和乙酰化蛋白质，以及 非典型生物聚合物。
BpForms包含五个工具：
- 具体描述 非典型生物聚合物。见 documentation了解更多 信息。例如，下面的文本表示 含有脱氧核糖单体形式的DNA分子 第四个位置。 ACG[id: "dI" | structure: "[H][C@]1(O)C[C@@]([H])(O[C@]1([H])CO)N1C=NC2=C1N=CN=C2O"]T
这种具体表示使BpForms软件工具能够 计算非典型生物聚合物的性质。
- 计算非标准生物聚合物性质的工具 包括它们的化学式、分子量、电荷和 主要质子化和互变异构状态。
- 一个web应用程序：https://bpforms.org
- json rest api：https://bpforms.org/api
- 命令行界面。见 documentation 更多信息。
- 一个python api。见 documentation 更多信息。
BpForms的动机是需要具体地表示 dna修饰、dna修复、转录后生物化学 在whole-cell computational models中进行处理和翻译后处理。BpForms也是 为实验蛋白质组学和合成生物学提供了有价值的工具。进入 特别是，我们开发了BpForms，因为没有符号， 用于具体表示的模式、数据模型或文件格式 非标准形式的生物聚合物，尽管存在一些 DNA、RNA和蛋白质修饰的数据库和本体 ProForma Proteoform Notation，和 修饰rna的MOMODICS码 基地。
bpforms可以与*BcForms*组合 具体描述配合物的一级结构。
安装
- 安装下面列出的第三方依赖项。详细的
安装说明见An Introduction to
Whole-Cell
Modeling。
- ChemAxon Marvin： 可选用于计算主要质子化和互变异构状态
- Java>；=1.8
- Open Babel
- Pip>；=19.0
- Python>；=3.6
- 用马文计算主要质子化和互变异构 状态，将JAVA_HOME设置为Java虚拟机的路径 （jvm）export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java
- 用马文计算主要质子化和互变异构 states，将marvin添加到java类路径 export CLASSPATH=$CLASSPATH:/opt/chemaxon/marvinsuite/lib/MarvinBeans.jar
- 安装此软件包
- 安装pypi的最新版本：pip install bpforms
- 从github安装最新版本： pip install git+https://github.com/KarrLab/wc_utils.git#egg=wc_utils[all] pip install git+https://github.com/KarrLab/bpforms.git#egg=bpforms
- 要安装rest api，BpForms必须与 [all]选项： pip install bpforms[all] pip install git+https://github.com/KarrLab/bpforms.git#egg=bpforms[all]
示例、教程和文档
请看documentation。一个 interactive tutorial 在整个单元建模沙盒中也可用。
许可证
这个包是在MIT license下发布的。
引用BpForms
Lang PF，Chebaro Y&Jonathan R.Karr先生。bpforms：一个具体的 描述修饰的DNA、RNA和蛋白质。第十四章：1903.10042。 :link:
问题和评论
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