biocloudcentral.org、cloudman和galaxy api库
blend-lib的Python项目详细描述
` blend ``是一个python(2.6或更高版本)
库,用于与'biocloudcentral.org`、'cloudman``和'galaxy`` api进行交互。从概念上讲,它使得编写脚本和自动化
云基础架构配置和扩展的过程,以及在galaxy中运行分析
成为可能。实际上,这样做是可能的:
-通过api直接从本地计算机创建cloudman计算集群:
from blend.cloudman.launch import cloudmanlaunch
cml=cloudmanlaunch('<;your cloud access key>;','<;your cloud secret key')
cml.launch('blend cloudman','ami-<;id>;','m1.small','password')
cml.get_status()
-操作您的cloudman实例并对当前需要作出反应:
blend.cloudman import cloudman
cm=cloudman(“实例IP”,“password”)
cm.initialize(type=“galaxy”)
cm.add_nodes(3)
cluster_status=cm.get_status()
cm.删除节点(2)
-通过Straighforward API与Galaxy交互:
从Blend.Galaxy导入GalaxyInstance
gi=GalaxyInstance('<;Galaxy IP>;',key='Your API Key')
libs=gi.libraries.get_libraries()
gi.workflows.show_workflow('workflow id')
gi.workflows.run撸workflow('workflow id',输入数据集地图)注意:
尽管此库允许您将这三个服务混合到一个内聚单元中,
不管其他服务如何,库本身都可以与任何单个服务一起使用。对于
示例,您可以使用它来操作cloudman集群,或者编写
与笔记本电脑上运行的galaxy实例的交互脚本。
库,用于与'biocloudcentral.org`、'cloudman``和'galaxy`` api进行交互。从概念上讲,它使得编写脚本和自动化
云基础架构配置和扩展的过程,以及在galaxy中运行分析
成为可能。实际上,这样做是可能的:
-通过api直接从本地计算机创建cloudman计算集群:
from blend.cloudman.launch import cloudmanlaunch
cml=cloudmanlaunch('<;your cloud access key>;','<;your cloud secret key')
cml.launch('blend cloudman','ami-<;id>;','m1.small','password')
cml.get_status()
-操作您的cloudman实例并对当前需要作出反应:
blend.cloudman import cloudman
cm=cloudman(“实例IP”,“password”)
cm.initialize(type=“galaxy”)
cm.add_nodes(3)
cluster_status=cm.get_status()
cm.删除节点(2)
-通过Straighforward API与Galaxy交互:
从Blend.Galaxy导入GalaxyInstance
gi=GalaxyInstance('<;Galaxy IP>;',key='Your API Key')
libs=gi.libraries.get_libraries()
gi.workflows.show_workflow('workflow id')
gi.workflows.run撸workflow('workflow id',输入数据集地图)注意:
尽管此库允许您将这三个服务混合到一个内聚单元中,
不管其他服务如何,库本身都可以与任何单个服务一起使用。对于
示例,您可以使用它来操作cloudman集群,或者编写
与笔记本电脑上运行的galaxy实例的交互脚本。