Biomatcher帮助你找到具有相同种子的microRNA
BioMatcher的Python项目详细描述
生物匹配器
Biomatcher是一款软件，可以让你在自己选择的位置上，在人类microRNA和植物microRNA之间找到相同的种子。
如何安装Biomatcher
要安装Biomatcher，您需要写入控制台：
pip install BioMatcher
如何运行matcher
要启动软件，需要在终端中键入以下命令行字符串：match -h fileh -p filep -c jsonconfig -o fileo -hid jsonidhuman -pid jsonidplant
输入中特别要提供的文件如下：
fileh=这是人类microrna的fasta文件的路径filep=这是植物microrna的fasta文件的路径jsonconfig=这是一个json，包含您要进行的所有类型的比较 json文件的结构必须如下：
{
"exact_matches":[
{
"id": "h2-8p2-8",
"h_start": "2",
"h_end": "8",
"p_start": "2",
"p_end": "8",
"active": "True"
}
}
在此文件中，将显示默认的标准比较。此外，可以输入一个或多个要执行的比较。要添加新的比较，您需要添加一个类似于json文件中已经存在的结构。最后，通过“Active”参数，现有的比较可以被激活（true）或去激活（FALSE），而不必取消任何比较。
fileo=这是输出csv文件的路径jsonidhuman=这是json文件的路径，其中包含进程中要考虑的所有人工id（可选）。其结构必须与此示例中的结构相同：
{
"id_human":[
"MIMAT0000062",
"MIMAT0002826"
]
}
jsonidplant=这是json文件的路径，其中包含流程中要考虑的所有工厂id（可选）。其结构必须与此示例中的结构相同：
{
"id_plant":[
"MIMAT0016317",
"MIMAT0016318"
]
}
当软件结束时，您可以在您选择的csv输出文件中找到所有相应的种子，格式如下：
| Human ID | Plant ID | Comparison IDs |
|---|
如何运行过滤器
此组件用于筛选具有选定种类的fasta文件。要启动筛选软件，您需要在终端中键入以下代码行：
filter –m filem –s jsonspecies –o fileo
输入中特别要提供的文件如下：
filem=这是要筛选的microRNA的fasta文件的路径jsonspecies=这是要筛选fasta文件的选定种类的json文件的路径。此文件的结构为：
{
"selectedspecies":[
"Acacia auriculiformis",
"Arabidopsis lyrata",
"Acacia mangium"
]
}
fileo=这是输出fasta文件的路径
如何运行清洁剂
此组件用于清除fasta输入文件中的错误和冗余。要启动Cleaner软件，您需要在终端中键入以下代码行：
cleaner –m filem –o fileo –e errors –r redundancies
输入中特别要提供的文件如下：
filem=这是要清理的microRNA的fasta文件的路径fileo=这是已清理的fasta输出文件的路径errors=这是输出fasta文件的路径，该文件包含所有有错误的micrornasredundancies=这是具有所有冗余序列id的输出csv文件的路径。其结构为：
| Main ID | Redundant IDs |
|---|
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