bio2bel-reactome 0.2.3

安装

此代码可以与pip3 install git+https://github.com/bio2bel/reactome.git

这两个资源将与此包一起安装，可以通过运行以下命令快速加载 终端中的命令：

• python3 -m bio2bel_hgnc populate
• python3 -m bio2bel_chebi populate

安装

bio2bel_reactome可以通过PyPI轻松安装 在您喜爱的终端中执行以下代码：

$ python3 -m pip install bio2bel_reactome

或者来自GitHub上的最新代码，使用：

$ python3 -m pip install git+https://github.com/bio2bel/reactome.git@master

设置

可以从python repl或自动安装的命令行下载和填充reactiome 公用事业。

将自动安装和加载以下资源，以便完全填充 数据库：

• Bio2BEL CHEBI
• Bio2BEL HGNC

>>>importbio2bel_reactome>>>reactome_manager=bio2bel_reactome.Manager()>>>reactome_manager.populate()

bio2bel_reactome populate

其他命令行实用程序

• 运行管理站点进行简单的查询和探索python3 -m bio2bel_reactome web（http://localhost:5000/admin/）
• 导出用于编程的基因集python3 -m bio2bel_reactome export

引文

• Fabregat，Antonio等人“反应途径知识库”。核酸研究44。数据库问题（2016年）： D481–D487。项目管理咨询公司。网状物。2017年10月6日。
• 克罗夫特，大卫等人。“反应途径知识库”，《核酸研究42》。数据库问题（2014）：D472–D477。 项目管理咨询公司。网状物。2017年10月6日。