bbcu.vennDiagram 1.0.26

说明

脚本作为输入文件夹获取，其中包含每个样本的单独文件，包含3列：gene name、p-value和fold change的log2。 脚本根据p值（默认值：<；=0.05）和log2 fold change（默认值：>；=1）进行筛选，并在组之间创建venn图。

输入文件夹中的文件名应为：

sample1.csv，sample2.csv…（直到6组） 或 样本1.xlsx，样本2.xlsx…

文件必须包括标题行： ATnum、pv、log2fc

您可以在这里看到输入和输出文件的示例： 维恩图示例

运行命令

create-venn.py–输入目录your-input-folder–输出目录your-output-dir

您可以使用命令查看其他可选参数（–min log fc，–max-p-value，–total_gene_numbers）： create-venn.py–帮助

python版本

此项目当前正在使用Python2.7

安装

建议使用virtualenv创建干净的python环境。

要安装venn图，请使用pip：

pip install bbcu.venn-diagram

学分

文恩的情节由： https://github.com/benfred/venn.js