backmap 0.2.6

2.1   PIP Installation

在命令提示符下运行以下命令（终端）将完成该任务（不需要“-i”，但确保安装了最新的子版本）：

$ pip install -I backmap

2.2   GIT Installation

$ git clone https://github.com/ranjanmannige/backmap.git
$ cd backmap
$ python setup.py install
$ python setup.py test

2.3   Manual Installation

从git repository下载zip（https://github.com/ranjanmannige/backmap/archive/master.zip）。在命令提示下，解压缩目录并将其更改为提取的目录（cd./backmap/），然后执行以下命令。

$ python setup.py install
$ python setup.py test

3.1   In-script usage

importbackmapasbmprintbm.R(phi=0,psi=0)# Should print '0.5'

有关脚本内模块用法的更多信息，请参阅与此模块关联的manuscript。

3.2   Standalone usage

安装后，以下命令将生成各种图形（如下图所示）。

python -m backmap -pdb ./pdbs/ProteinDatabankStructureFilename.pdb
python -m backmap -pdb /directory/containing/pdbs/

4.1示例1：稳定蛋白质（1xqq）

面板（b）到（f）是通过在下载的目录中运行以下命令创建的（面板（a）是使用VMD创建的）。

python -m backmap -pdb ./tests/pdbs/1xqq.pdb

如下所示，由蛋白质集合1xqq生成的图描述了构象稳定的蛋白质（每个图在下面详细说明）。

panel（b）中的每一列描述单个模型/时间段的ramachandran数（r）空间中的直方图。这些直方图显示螺旋（r~0.34）和片状（r~0.52）的存在。此外，面板（c）和（d）描述了每一个残基构象图（由两种不同的量度或cmap着色），这些构象图显示大部分蛋白质骨架保持相对稳定（例如，在框架上很少出现状态或“颜色”的波动）。最后，panel（e）描述单个残基的状态偏离第一帧的程度，panel（f）描述单个残基的状态偏离前一帧中其状态的程度。从面板（c）和（d）可以看出，这两个图都表明这种蛋白质在构象上是相对稳定的。

4.2示例2：一种本质上无序的蛋白质（2fft）

与上述构象稳定的蛋白质相比，一种内在无序的蛋白质2fft 更灵活的

panel（b）显示每个模型访问的状态是多样的，并且在r的整个范围内剧烈波动（与稳定的蛋白质相比，这一点尤其正确，见上文）。

每个残基所占据的不同状态（面板（c）和（d））证实了大多数残基中的这种构象变化（面板（e）和（f）类似地显示了大多数残基是如何剧烈波动的）。

然而，有趣的是，面板（c）到（f）也显示了一个异常稳定的区域-残基15到25-在r~0.33处始终显示相同的构象（α螺旋）状态（在面板中解释为红色（c））。简单地看一下结构（panel（a））很难识别这种趋势。