NWB转换脚本和教程。
axel-lab-to-nwb的Python项目详细描述
Axel实验室到NWB
NWB转换脚本和教程。 与Axel Lab的合作。
安装
要克隆存储库并设置conda环境，请执行以下操作：
$ git clone https://github.com/ben-dichter-consulting/axel-lab-to-nwb.git
$ conda env create -f axel-lab-to-nwb/make_env.yml
$ source activate convert_to_nwb
$ pip install git+https://github.com/ben-dichter-consulting/axel-lab-to-nwb.git
使用
激活正确的环境后，可以从python导入和运行转换函数。
下面是一个例子：我们将从同一个实验中获取数据，但存储在不同的.npz文件中，并将其保存到单个.nwb文件中。
fromdatetimeimportdatetimefromdateutil.tzimporttzlocalfromaxel_lab_to_nwbimportnpz_to_nwbfpath='/path/to/files'f1='2019_07_01_Nsyb_NLS6s_walk_fly2.npz'f2='2019_07_01_Nsyb_NLS6s_walk_fly2_A.npz'f3='2019_07_01_Nsyb_NLS6s_walk_fly2_ref_im.npz'fnpz=[f1,f2,f3]fnwb='fly2.nwb'info={'session_description':'my CaIm recording','identifier':'EXAMPLE_ID','session_start_time':datetime.now(tzlocal()),'experimenter':'My Name','lab':'Axel lab','institution':'Columbia University','experiment_description':'EXPERIMENT_DESCRIPTION','session_id':'IDX'}npz_to_nwb(fpath=fpath,fnpz=fnpz,fnwb=fnwb,info=info,plot_rois=False)
在tutorials您还可以找到具有逐步转换过程的jupyter笔记本。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
