一个通过可访问体积（av）模拟计算md轨迹的fret观测值的库，在av模拟中，标签的空间允许构象空间近似于柔性附着椭球的构象空间。
avtraj的Python项目详细描述
avtraj
avtraj是从md轨迹计算fret观测值的工具。读、写和分析可访问卷（AVS） 使用md轨迹作为输入，只需几行python代码。通过使用Labellib Avtraj提供 获取fret实验用隐式染料模型的最新进展。
avtraj是一个python库，允许用户对分子的可访问卷进行模拟 动力学（MD）轨迹。avtraj是开发新方法的高级接口 用于基于结构的荧光光谱。
功能包括：
A wide support of diverse MD formats by the use of MDTraj. Extremely fast calculation of AVs by the
use of LabelLib (e.g. xxxx the speed of yyyy). Extensive analysis functions including those that compute
inter-dye distances, FRET-efficiencies, fluorescence decays, distance distributions, and an Pythonic API.
avtraj包括一个命令行应用程序avana，用于筛选和分析结构模型。
其他软件与库的关系
labellib是olga软件和高级python库avtraj的核心低级库。这个 不推荐使用的软件fps独立于labellib。
Olga是一款专门针对实验人员的软件。OLGA提供了一个图形用户界面，用于计算可接近体积（AVS），根据实验观测值筛选一组结构模型，刚体对接， 以及新型微动实验的优化设计。
AvTraj avtraj是一个python库，用于计算可访问卷（avs）、筛选。avtraj有助于开发基于fret的结构模型的新分析方法。avtraj有助于处理 md模拟和处理基于fret的结构模型的python脚本的开发。
FPS是一个具有图形用户界面的软件，用于基于fret的结构建模。fps可以计算可访问体积（avs），根据实验观测值筛选一组结构模型，并可以生成新的结构 利用实验数据建立刚体对接模型。
安装
水蟒
conda --add channels tpeulen conda install avtraj
代码示例
importmdtrajasmdimportavtrajasavt# First load an MD trajectory by mdtrajtraj=md.load('./examples/hGBP1_out_3.h5')# Pass a trajectory to fps.AVTrajectory. This creates an object, which can be # accessed as a list. The objects within the "list" are accessible volumes av_traj=avt.AVTrajectory(traj,'18D',attachment_atom_selection='resSeq 7 and name CB')# These accessible volumes can be saved as xyz-fileav_traj[0].save_xyz('test_344.xyz')# The dye parameters can either be passed explicitly on creation of the objectav_traj=avt.AVTrajectory(traj,'18D',attachment_atom_selection='resSeq 7 and name CB',linker_length=25.,linker_width=1.5,radius_1=6.0)# or they can be selected from a predefined set of parameters found in the JSON file dye_definition.json located within# the package directory av_traj=avt.AVTrajectory(traj,'18D',attachment_atom_selection='resSeq 7 and name CB',dye_parameter_set='D3Alexa488')# To calculate a trajectory of distances and distance distributions first a labeling file and a "distance file" # needs to be specified. The distance file contains a set of labeling positions and distances and should be compatible# to the labeling files used by the software "Olga". By default the av_dist=avt.AvDistanceTrajectory(traj,'./examples/hGBP1_distance.json')
引文
- mdtraj-
- fps-
许可证
gnu lgpl版本2.1，或者您可以选择更高版本的许可证。 这个库的各个子部分可以独立地分布在 不同的许可证。查看这些文件以了解它们的特定术语。
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