重新格式化和压缩多个序列对齐以突出可变性
alnvu的Python项目详细描述
alnvu使生物序列的多重对齐 通过浓缩和突出可变性，易于阅读。
生成纯文本、HTML和PDF格式的多个对齐。
依赖关系
必需：
- Python 2.7, 3.5+
- ^{tt2}$ (https://github.com/nhoffman/fastalite)
可选：
- ^{tt3}$ (http://www.reportlab.com/software/opensource/) for pdf output.
- ^{tt4}$ (http://biopython.org/) to sort alignments in tree order.
- ^{tt5}$ (http://jinja.pocoo.org/) for rendering html templates.
安装
使用pip：
安装最简单pip install alnvu
要从github上的源安装，请首先克隆存储库。
使用setup.py：
cd alnvu python setup.py install
使用pip：
cd alnvu pip install .
示例
% cd alnvu
默认输出。请注意，列是编号的（第8列是第一列，第122列是最后一列）：
% ./av -w 80 testfiles/aln.fasta | head -n 15
# 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
# 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
# 00111111111122222222223333333333444444444455555555556666666666777777777788888888
# 89012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567
59735 agagtttgatcctggctcaggacgaacgcTGGCGGCgtGCTTAACACATGCAAGTCGAACGaTgAAgcggtGCTTgcacc
70875 --------------------------------------------------------------------------------
58095 agagtttgatcctggctcagagcgaacgcTGGCGGCatGCTTAACACATGCAAGTCGcACGGgtggtttcgGCcatc---
70854 -----------------------------TGGCGGCagGCcTAACACATGCAAGTCGAgCGGatgAcgggAGCTTgctcc
62024 agagtttgatcctggctcaggacgaacgcTGGCGGCgtGCTTAACACATGCAAGTCGAACGaTgAAgcctttCggggtgg
59895 ---------------------------------------------------AAGTCGAACGGTgAAagagAGCTTagctc
57728 -----------------------------------------------------------tt-------------------
10734 ---------------------------gcTGaCGGCgtGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGgatccattAGCgcttttg
71041 --------------------------cgcTGGCGGCagGCTTAACACATGCAAGTCGAACGaTgAAgtctAGCTTgctag
6161O -----------------------------TGGCGGt-gGCcTAACACATGCAAGTCGAACGGatccttcggGaTT-----
输入文件可以通过stdin提供：
% cat testfiles/aln.fasta | av
执行某些选项（显示序号和一致性；显示与第一个序号的差异，限制为第200-280列）：
% av testfiles/aln.fasta --number-sequences --consensus --range 200,280 --compare-to 59735
# 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
# 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
# 000000000011111111112222222222333333333344444444445555555555666666666677777777778
# 012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1 ==REF==> 59735 TGGGGtG-TTGGTgGAAAGCgttatgga------------GTGGTTTTAGATGGGCTCACGGCCTATCAGCTTGTTGGTGA
2 70875 gGGt----------GAAAGtGggggaccgcaaggcctc--acGcagcagGAgcGGCcgAtGtCtgATtAGCTaGTTGGTGg
3 58095 gGcc----------cAAAGCcgaAaG--------------GcGccTTTgGAgcGGCctgCGtCCgATtAGgTaGTTGGTGg
4 70854 gGGa----------GAAAGCaggggaccttcgggcctt--GcGcTaTcAGATGaGCctAgGtCggATtAGCTaGTTGGTGg
5 62024 TGGGa-c-ggGGTtaAAAGCtccg----------------GcGGTgaagGATGaGCcCgCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGg
6 59895 TcttcaG-caGcTGGAAAGaaTT-----------------tcGGTcaggGATGaGCTCgCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGA
7 57728 TcGaG-GaTaGaT-GAAAGgtggcctctacatgtaagctatcacTgaagGAgGGGaTtgCGtCtgATtAGCTaGTTGGaGg
8 10734 TGGGG-t-TgttgGGAAAGgtTTtTt--------------cTGGaTTggGATGGGCTCgCGGCtTATCAGCTTGTTGGTGg
9 71041 gaGa----------GAAAGgGggcTtttagctc-------tcGcTaaTAGATGaGCctAaGtCggATtAGCTaGTTGGTGg
10 6161O gGGG----------GAAAGatTTA----------------tcGccaTTgGAgcGGCcCgCGtCtgATtAGCTaGTTGGTGg
11 CONSENSUS xGGx------x-x-GAAAGxxxxxxx--------------xcGcTxxxgGATGGGCcxgCGtCxgATtAGCTaGTTGGTGg
上面的对齐呈现为彩色HTML（感谢@timholl）：
% av testfiles/aln.fasta --number-sequences --consensus --range 200,280 --compare-to 59735 -q --html aln.html
编写单页PDF文件：
% av testfiles/aln.fasta --pdf test.pdf --quiet --blocks-per-page=5
你知道seqmagick吗？如果没有，跑，不要走到 https://github.com/fhcrc/seqmagick看看，这样你就可以 执行以下操作：
% seqmagick convert testfiles/ae_like.sto --output-format=fasta - | av -cx
# 000000000000000000000000000000000
# 445555555555566666666666666667777
# 990111111155813445566778888991122
# 791123678914209568907050235891215
GA05AQR01D2ULR ...............TTGGT.GT..AG...A..
GA05AQR01DFGSE ........................T.TAAGT..
GA05AQR01CI0QB ...........A.....................
GA05AQR01DW22X .TC..G.T.T.......................
GA05AQR01A5WF4 ....................A........-T..
GA05AQR01BUV2U ---..............................
GA05AQR01B1R8I .............T...............CT..
GA05AQR02JASPX ........A........................
GCX02B001AYSTJ .............................-TA.
GCX02B001DP9EQ ............A..........CA.......T
GCX02B001AFAY1 ..............G..................
GCX02B002J489C ...-......A......................
GLKT0ZE01EDLCP AT...ATT.T.......................
GLKT0ZE02I8LRD ---GA............................
-ref-> CONSENSUS TCTAGCGCGCGGGGACGAACGAGGCGCGCTGGA
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