牵引车
albatradis的Python项目详细描述
#信天翁[构建状态]（https://travis-ci.org/quadram-institute-bioscience/albatradis.svg？（https://travis ci.org/quadram institute bioscience/albatradis）
[！[许可证：gpl v3]（https://img.shields.io/badge/license gpl%20v3 brightgreen.svg）]（https://github.com/quadram institute bioscience/albatradis/blob/master/license）
[！[docker build status]（https://img.shields.io/docker/build/andrewjpage/albatradis.svg）（https://hub.docker.com/r/andrewjpage/albatradis）
[！[Docker Pulls]（https://img.shields.io/docker/pulls/andrewjpage/albatradis.svg）（https://hub.docker.com/r/andrewjpage/albatradis）
/>*[用法]（用法）
*[许可证]（许可证）
*[反馈/问题]（反馈问题）
*[引用]（引用）
简介
albatradis是一个软件应用程序，用于对tradis实验进行快速的大规模比较分析，同时还可以预测影响附近基因的插入。它允许使用bio-tradis工具包中开发的统计方法轻松分析具有多种条件的实验。
如果你只是想快速试用软件，请尝试Docker。
要在ubuntu或debian上安装albatradis，请运行：
```
sudo apt get update-qq&；apt get install-y sudo bio tradis git python3 python3 setuptools python3 biopython3 pip cpanminus libncursew5 dev libssl dev
sudo cpanm-f ipc：：system：：simple datetime：：locale datetime bio：：tradis
sudo rscript-e"source（'http://bioconductor.org/bioclite.r'）"-e"bioclite（c（'edger'，'getopt'，'mass'）"
pip3 install cython
pip3 install git+git://github.com/quadram institute bioscience/albatradis.git
````
conda
[！[水蟒服务器徽章]（https://anaconda.org/bioconda/albatradis/badges/latest_release_date.svg）（https://anaconda.org/bioconda/albatradis）
[！[水蟒服务器徽章]（https://anaconda.org/bioconda/albatradis/badges/platforms.svg）（https://anaconda.org/bioconda/albatradis）
[！[水蟒服务器徽章]（https://anaconda.org/bioconda/albatradis/badges/downloads.svg）（https://anaconda.org/bioconda/albatradis）
`````
conda install-c conda forge-c bioconda albatradis
````
docker
安装[docker]（https://www.docker.com/）。有一个Docker容器是从Albatradis的最新版本自动生成的。要安装它：
```
docker pull andrewjpage/albatradis
````
age/albatradis albatradis xxxxx
````
```
用法：albatradis[options]embl file condition\u plot files control\u plotfiles
tradis analysis
位置参数：
embl格式的emblfile注释文件
plotfiles输入打印文件（可选gzip）。必须有
相等数量的条件和控制文件
（默认值：1）
--迭代次数，-i迭代次数
重新扫描的次数（默认值：1）
--最小块minimum_block，-b minimum_block
比较中必须在1个块中的最小读取数（默认值：100）
--最小日志f c minimum_logfc，-f minimum_logfc
最小日志折叠更改+/—（默认值：1）
--最小日志cpm minimum_logcpm，-c minimum_logcpm
每百万的最小日志计数+/—（默认值：8.0）
--最小阈值最小阈值，-m最小阈值
仅包括具有此数字或更大值的插入站点
插入（默认值：5）
--最小比例插入最小比例插入，-d最小值mum_propertion_insertions
如果插入的比例比
控件低，则不要调用低于此
级别的减少的插入（默认值：0.1）
--不要使图正常化，-n
不要使输入图正常化（默认值：false）
--前缀前缀，-o前缀
输出目录前缀（默认值：output）
--p value pvalue，-p pvalue
不报告高于此p值的任何内容（默认值：
0.05）
--qvalue qvalue，-q qvalue
不报告高于此q值的任何内容（default:
0.05）
--严格的_信号，-g要返回的组合图中必须存在一个结果（默认值：false）
--使用_注释，-a使用引用注释而不是滑动的
窗口（默认值：false）
--素数特征_-size素数特征_-size，-z prime_feature_size
添加5/3 prime块时的功能大小（当
--使用_注释（默认值：198）
--窗口间隔窗口间隔，-l窗口间隔
窗口间隔（默认值：25）
--窗口大小窗口大小，-w窗口大小
窗口大小（默认值：100）
--verbose，-v在分析运行时打印有关分析的详细信息（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出这是一个EMBL格式的带注释的参考基因组。它可以从ebi网站下载。
必须在所有情况下使用相同的参考基因组，并且必须与EMBL文件匹配。
先提供条件，然后提供控制。条件数必须与控件数匹配，每个条件中至少有一个。理想情况下，每一个都需要两个或多个。
此选项允许您跨越这些间隙以形成更多的连续块，从而获得更整洁的结果。如果设置得太高，则不同的不同机制将合并在一起，从而产生错误的结果。
这允许你逐渐地识别出通常会被淹没的微弱信号。没有自动停止，因此如果迭代次数太多，将增加误报次数。
如果你做一个散点图实验变化，低丰度等于更大的变化。这个硬最小阈值消除了大量噪声。
g折叠在插入位点间的变化情况视为显著。它必须是整数。
BR/>最小极小对数CpMy:考虑每百万次的最小日志数。它必须是一个整数，近似等于相对丰度。
这将控制最小阈值。任何少于这个数字的插入位点都将在实验开始时设置为零。
如果条件和控件之间的差异太大，那么统计数据就会开始崩溃，特别是在调用减少的插入次数时，因为缺少数据可能是由于插入/读取的总次数而不是实际的次数。这是允许的最小比例。
如果愿意，可以将其关闭。
\uu prefix：输出目录的前缀。您可能希望每次运行脚本时都更改此值。
你可能想进一步降低价值，这取决于你有多冒险。如果设置得太高，则会得到更多错误的结果，如果设置得太低，则可能根本不会得到任何结果。
您可以使这一点更加严格，因为还要求组合的数据还必须有一个重要的信号。这将减少识别的基因数量，但也可能减少错误信号。
使用注释：默认情况下，软件使用滑动窗口来识别重要信号。您可以选择使用通过输入embl文件传入的带注释的基因。每个基因还增加了一个5'和3'的特征，这样你就不会错过基因间区域的信号，也可以识别上下调节。
素特征大小：当你——使用注释5'和3'特征是围绕每个基因创建的。这将控制这些特征在基中的大小。
请确保它小于或等于windows的大小，否则您将丢失部分基因组。理想情况下，最大值应为窗口大小的一半。
如果你把这个设置得太高，你只会得到很强的信号，所以会错过很多。如果设置得太低，由于自然的实验变化，你会得到大量的假阳性。窗口大小应该是平均插入密度的10倍左右，因此如果每10个基插入一次，则窗口大小应该是100个基。
例如，它为每个基因增加了5'和3'特征。它可以在artemis中可视化。
它包含一个制表符分隔的电子表格，以下面的格式详细说明了被识别为有趣的基因。第一列是从输入注释文件派生的基因名。如果在一个基因间区域识别出一个信号，则给出开始和结束坐标。下一列是机制的分类，如上下调节、击倒、未分类等…第3列和第4列是相对于输入注释文件的基因开始和结束的坐标。maxlogfc是maximu在基因（或5’/3’）中观察到的信号的m对数倍变化。四舍五入到最接近的整数。如果信号在单一方向上最强，则报告该方向上的最大对数折叠变化，而不是组合分析的值。"表达式"列指示基因插入量是增加还是减少。"方向"列指示主要检测到的有效插入的方向（如果两个方向都适用，则为"无方向"）。最后，最后一列给出了上游基因，这个基因通常与这个机制有牵连。
124;增加插入向前abc
yxy上调| 135 234 1减少的插入反转的efg
uu调节的u基因报告.csv：这是gene报告.csv文件的过滤版本，但仅包括识别为上调或下调的基因。如果没有用这种模式识别基因，就不会创建文件。只有当实验包括一个发起人时，这才是真正有用的。
这是gene_report.csv的原始数据。它列出了每个基因或滑动窗口，并可选地列出了一个基因对应的5'和3'特征。前两列列出基因的名称或给出滑动窗口的坐标。第三列列出了基因的注释函数（如果注释文件中有）。数值列是由edger导出的。第4列给出了条件和控件之间的对数折叠变化。第5列给出了百万分之几的对数，可以认为是相对丰度。最后一列显示了在条件和对照之间的重要性是如何变化的，因此基因在对照和条件中总是不必要的，或者在所有情况下都是必要的。不过，更有趣的是，控制和条件之间的重要性发生了变化，这表明了一个巨大的机械变化。
| locus_tag | gene_name | function | logFC | logCPM | PValue | q.value | Essentiality |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| thrL | thrL | product | -0.4327 | 4.1269 | 0.5477 | 0.8177 | always_nonessential |
| thrL__5prime | thrL__5prime | product | -0.1208 | 4.5885 | 0.8555 | 0.9521 | always_nonessential |
| thrl thrl thrl thrl thrl thrl thrl thrl thrl产品1.0268 4.9723 0.1227 0.4258总是非重要
仅插入在分析过程中考虑了相反的方向。
它由每行上的2个空格分隔整数组成，其中一行对应于参考基因组中的一个碱基。正整数表示插入增加，负整数表示插入减少。
albatradis-presence_-existance
运行albatradis脚本后，它会生成gene_报告文件。此脚本执行比较分析并输出热图、组合电子表格、图形和树（树状图）。
```
用法：albatradis-presence-existence-embl file-gene-reports
基因报告电子表格
s当它运行时（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出MBL格式。它可以从ebi网站下载。
每个条件都有一个，因此这里提供的所有条件都允许比较条件。最好将条件的名称添加到文件名中，以便在输出中更容易识别。
__：一个制表符分隔的电子表格，包含每个条件下每个基因的log fold change整数值。通常它是一个巨大的稀疏矩阵，所以最好用脚本来处理它。
0
条件3 0 8 0 0|
cond4 1 0 9 0
uu-filter_-logfc.csv：与all_u-logfc.csv文件相同，除了在至少一个条件下只保留具有显著信号的基因。这很容易手动查看。
le树状图（tree）以png格式表示条件之间的关系，基于具有显著信号的共享基因数。
nj_newick_tree.tre_u：一种newick格式的邻域连接树，基于具有显著信号的共享基因的数目，从距离矩阵创建。此树可以在FigTree或任何数量的不同应用程序中显示。
这是一种标准的图形格式，具有强大的api支持。它可以与gephi交互可视化。每个条件和显著基因有一个节点。边缘表示在某个条件下发现基因的位置，连接两个节点。然后，这很好地显示了共享操作机制的网络。
一个基因由一行表示。
所以只有在每种情况下都能找到的基因（共同的行为模式）才在文件中。基因由1行表示。
您可以获取多个gene_report.csv文件并对其执行set操作。如果你知道一些条件应该合并在一起，因为机制是相同的。
```
用法：albatradis-gene_reports[选项]gene_report1.csv gene_report2.csv…
操作gene_report.csv文件，例如执行set操作
ORT电子表格
可选参数：
-h，--help显示此帮助消息并退出
--前缀前缀，-o前缀
输出目录前缀（默认：输出）
--详细，-v打印有关分析的更多信息，同时
运行（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出
````
ort.csv文件。每个条件都有一个。
_csv文件，由所有输入文件的并集组成。一个基因由一行表示。
所以只有在每种情况下都能找到的基因（共同的行为模式）才在文件中。一个基因由一行表示。
作为质量控制指标，查看数据是否有偏差是很有用的。基本上，您采用滑动窗口，计算每个窗口中的读取次数，然后根据其他条件和其他条件绘制这些值。这是一个对数刻度，异常值是有趣的点。
```
用法：albatradis scatter plot[选项]--控件1.plot--控件2.plot--条件1.plot--条件2.plot
所有参数：
-h，--help显示此帮助消息并退出
--控件，-c控件
控件文件（使用2个或更多）（默认值：无）
--条件条件条件，-d条件
条件文件（使用2个或更多）（默认值：无e）
--窗口大小窗口大小，-w窗口大小
窗口大小（默认值：50）
--输出文件输出文件，-o输出文件
输出文件名前缀（默认值：散点）
--正常化，-n使文件正常化（默认值：false）
--verbose，-v在运行时打印出更多信息（默认值：
false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出插入控件的站点图，其中必须有2个或更多。
间隔设置为窗口大小。
uu output file：输出文件前缀。
n png格式。
它被用作albatradis的一部分——使用注释特性，因此您可能不需要它，因为注释文件保存在输出目录中。< BR>``
用法：albatradis annotation[options]embl file
age和exit
--功能大小功能大小，-s功能大小
功能大小（默认值：198）
--输出文件输出文件，-o输出文件
输出文件（默认值：output.embl）
--详细，-v打印出有关分析的详细信息当它运行时（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出EMBL格式。它可以从ebi网站下载。
这将控制这些特征的大小（以碱基为单位）。
###albatradis-artemis_project
有时您希望查看artemis中的插入站点图。打开不同的复制和组合可能是一项相当手工的任务。此脚本将从电子表格生成project.properties文件，该电子表格由artemis（从当前工作目录）自动加载。这样可以更快地查看多个不同的插入站点图。
```
用法：albatradis-artemis_project[options]reference experiments_metadata.csv
创建artemis项目文件
positional arguments:
reference reference embl file
experiments_元数据实验元数据电子表格
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
--控件，-c控件
控件文件（可以多次使用）（默认值：无）
--输出文件输出文件，-o输出文件ile
输出文件名（默认值：project.properties）
--verbose，-v在运行时打印出更多信息（默认值：
false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的v版本号和出口
```
可从EBI网站下载。
artemis项目文件的名称。如果你改变了这一点，那么artemis就不能工作了。
NSE）。
反馈/问题
请报告任何问题或提供反馈请访问[问题页面]（https://github.com/quadram institute bioscience/albatradis/issues）。如果您对软件进行了改进，请通过[拉取请求]（https://github.com/quadram-institute-bioscience/albatradis/lauls）将更改发送给我们，以便整个社区都能从您的工作中受益。
[！[许可证：gpl v3]（https://img.shields.io/badge/license gpl%20v3 brightgreen.svg）]（https://github.com/quadram institute bioscience/albatradis/blob/master/license）
[！[docker build status]（https://img.shields.io/docker/build/andrewjpage/albatradis.svg）（https://hub.docker.com/r/andrewjpage/albatradis）
[！[Docker Pulls]（https://img.shields.io/docker/pulls/andrewjpage/albatradis.svg）（https://hub.docker.com/r/andrewjpage/albatradis）
/>*[用法]（用法）
*[许可证]（许可证）
*[反馈/问题]（反馈问题）
*[引用]（引用）
简介
albatradis是一个软件应用程序，用于对tradis实验进行快速的大规模比较分析，同时还可以预测影响附近基因的插入。它允许使用bio-tradis工具包中开发的统计方法轻松分析具有多种条件的实验。
如果你只是想快速试用软件，请尝试Docker。
要在ubuntu或debian上安装albatradis，请运行：
```
sudo apt get update-qq&；apt get install-y sudo bio tradis git python3 python3 setuptools python3 biopython3 pip cpanminus libncursew5 dev libssl dev
sudo cpanm-f ipc：：system：：simple datetime：：locale datetime bio：：tradis
sudo rscript-e"source（'http://bioconductor.org/bioclite.r'）"-e"bioclite（c（'edger'，'getopt'，'mass'）"
pip3 install cython
pip3 install git+git://github.com/quadram institute bioscience/albatradis.git
````
conda
[！[水蟒服务器徽章]（https://anaconda.org/bioconda/albatradis/badges/latest_release_date.svg）（https://anaconda.org/bioconda/albatradis）
[！[水蟒服务器徽章]（https://anaconda.org/bioconda/albatradis/badges/platforms.svg）（https://anaconda.org/bioconda/albatradis）
[！[水蟒服务器徽章]（https://anaconda.org/bioconda/albatradis/badges/downloads.svg）（https://anaconda.org/bioconda/albatradis）
`````
conda install-c conda forge-c bioconda albatradis
````
docker
安装[docker]（https://www.docker.com/）。有一个Docker容器是从Albatradis的最新版本自动生成的。要安装它：
```
docker pull andrewjpage/albatradis
````
age/albatradis albatradis xxxxx
````
```
用法：albatradis[options]embl file condition\u plot files control\u plotfiles
tradis analysis
位置参数：
embl格式的emblfile注释文件
plotfiles输入打印文件（可选gzip）。必须有
相等数量的条件和控制文件
（默认值：1）
--迭代次数，-i迭代次数
重新扫描的次数（默认值：1）
--最小块minimum_block，-b minimum_block
比较中必须在1个块中的最小读取数（默认值：100）
--最小日志f c minimum_logfc，-f minimum_logfc
最小日志折叠更改+/—（默认值：1）
--最小日志cpm minimum_logcpm，-c minimum_logcpm
每百万的最小日志计数+/—（默认值：8.0）
--最小阈值最小阈值，-m最小阈值
仅包括具有此数字或更大值的插入站点
插入（默认值：5）
--最小比例插入最小比例插入，-d最小值mum_propertion_insertions
如果插入的比例比
控件低，则不要调用低于此
级别的减少的插入（默认值：0.1）
--不要使图正常化，-n
不要使输入图正常化（默认值：false）
--前缀前缀，-o前缀
输出目录前缀（默认值：output）
--p value pvalue，-p pvalue
不报告高于此p值的任何内容（默认值：
0.05）
--qvalue qvalue，-q qvalue
不报告高于此q值的任何内容（default:
0.05）
--严格的_信号，-g要返回的组合图中必须存在一个结果（默认值：false）
--使用_注释，-a使用引用注释而不是滑动的
窗口（默认值：false）
--素数特征_-size素数特征_-size，-z prime_feature_size
添加5/3 prime块时的功能大小（当
--使用_注释（默认值：198）
--窗口间隔窗口间隔，-l窗口间隔
窗口间隔（默认值：25）
--窗口大小窗口大小，-w窗口大小
窗口大小（默认值：100）
--verbose，-v在分析运行时打印有关分析的详细信息（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出这是一个EMBL格式的带注释的参考基因组。它可以从ebi网站下载。
必须在所有情况下使用相同的参考基因组，并且必须与EMBL文件匹配。
先提供条件，然后提供控制。条件数必须与控件数匹配，每个条件中至少有一个。理想情况下，每一个都需要两个或多个。
此选项允许您跨越这些间隙以形成更多的连续块，从而获得更整洁的结果。如果设置得太高，则不同的不同机制将合并在一起，从而产生错误的结果。
这允许你逐渐地识别出通常会被淹没的微弱信号。没有自动停止，因此如果迭代次数太多，将增加误报次数。
如果你做一个散点图实验变化，低丰度等于更大的变化。这个硬最小阈值消除了大量噪声。
g折叠在插入位点间的变化情况视为显著。它必须是整数。
BR/>最小极小对数CpMy:考虑每百万次的最小日志数。它必须是一个整数，近似等于相对丰度。
这将控制最小阈值。任何少于这个数字的插入位点都将在实验开始时设置为零。
如果条件和控件之间的差异太大，那么统计数据就会开始崩溃，特别是在调用减少的插入次数时，因为缺少数据可能是由于插入/读取的总次数而不是实际的次数。这是允许的最小比例。
如果愿意，可以将其关闭。
\uu prefix：输出目录的前缀。您可能希望每次运行脚本时都更改此值。
你可能想进一步降低价值，这取决于你有多冒险。如果设置得太高，则会得到更多错误的结果，如果设置得太低，则可能根本不会得到任何结果。
您可以使这一点更加严格，因为还要求组合的数据还必须有一个重要的信号。这将减少识别的基因数量，但也可能减少错误信号。
使用注释：默认情况下，软件使用滑动窗口来识别重要信号。您可以选择使用通过输入embl文件传入的带注释的基因。每个基因还增加了一个5'和3'的特征，这样你就不会错过基因间区域的信号，也可以识别上下调节。
素特征大小：当你——使用注释5'和3'特征是围绕每个基因创建的。这将控制这些特征在基中的大小。
请确保它小于或等于windows的大小，否则您将丢失部分基因组。理想情况下，最大值应为窗口大小的一半。
如果你把这个设置得太高，你只会得到很强的信号，所以会错过很多。如果设置得太低，由于自然的实验变化，你会得到大量的假阳性。窗口大小应该是平均插入密度的10倍左右，因此如果每10个基插入一次，则窗口大小应该是100个基。
例如，它为每个基因增加了5'和3'特征。它可以在artemis中可视化。
它包含一个制表符分隔的电子表格，以下面的格式详细说明了被识别为有趣的基因。第一列是从输入注释文件派生的基因名。如果在一个基因间区域识别出一个信号，则给出开始和结束坐标。下一列是机制的分类，如上下调节、击倒、未分类等…第3列和第4列是相对于输入注释文件的基因开始和结束的坐标。maxlogfc是maximu在基因（或5’/3’）中观察到的信号的m对数倍变化。四舍五入到最接近的整数。如果信号在单一方向上最强，则报告该方向上的最大对数折叠变化，而不是组合分析的值。"表达式"列指示基因插入量是增加还是减少。"方向"列指示主要检测到的有效插入的方向（如果两个方向都适用，则为"无方向"）。最后，最后一列给出了上游基因，这个基因通常与这个机制有牵连。
124;增加插入向前abc
yxy上调| 135 234 1减少的插入反转的efg
uu调节的u基因报告.csv：这是gene报告.csv文件的过滤版本，但仅包括识别为上调或下调的基因。如果没有用这种模式识别基因，就不会创建文件。只有当实验包括一个发起人时，这才是真正有用的。
这是gene_report.csv的原始数据。它列出了每个基因或滑动窗口，并可选地列出了一个基因对应的5'和3'特征。前两列列出基因的名称或给出滑动窗口的坐标。第三列列出了基因的注释函数（如果注释文件中有）。数值列是由edger导出的。第4列给出了条件和控件之间的对数折叠变化。第5列给出了百万分之几的对数，可以认为是相对丰度。最后一列显示了在条件和对照之间的重要性是如何变化的，因此基因在对照和条件中总是不必要的，或者在所有情况下都是必要的。不过，更有趣的是，控制和条件之间的重要性发生了变化，这表明了一个巨大的机械变化。
| locus_tag | gene_name | function | logFC | logCPM | PValue | q.value | Essentiality |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| thrL | thrL | product | -0.4327 | 4.1269 | 0.5477 | 0.8177 | always_nonessential |
| thrL__5prime | thrL__5prime | product | -0.1208 | 4.5885 | 0.8555 | 0.9521 | always_nonessential |
| thrl thrl thrl thrl thrl thrl thrl thrl thrl产品1.0268 4.9723 0.1227 0.4258总是非重要
仅插入在分析过程中考虑了相反的方向。
它由每行上的2个空格分隔整数组成，其中一行对应于参考基因组中的一个碱基。正整数表示插入增加，负整数表示插入减少。
albatradis-presence_-existance
运行albatradis脚本后，它会生成gene_报告文件。此脚本执行比较分析并输出热图、组合电子表格、图形和树（树状图）。
```
用法：albatradis-presence-existence-embl file-gene-reports
基因报告电子表格
s当它运行时（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出MBL格式。它可以从ebi网站下载。
每个条件都有一个，因此这里提供的所有条件都允许比较条件。最好将条件的名称添加到文件名中，以便在输出中更容易识别。
__：一个制表符分隔的电子表格，包含每个条件下每个基因的log fold change整数值。通常它是一个巨大的稀疏矩阵，所以最好用脚本来处理它。
0
条件3 0 8 0 0|
cond4 1 0 9 0
uu-filter_-logfc.csv：与all_u-logfc.csv文件相同，除了在至少一个条件下只保留具有显著信号的基因。这很容易手动查看。
le树状图（tree）以png格式表示条件之间的关系，基于具有显著信号的共享基因数。
nj_newick_tree.tre_u：一种newick格式的邻域连接树，基于具有显著信号的共享基因的数目，从距离矩阵创建。此树可以在FigTree或任何数量的不同应用程序中显示。
这是一种标准的图形格式，具有强大的api支持。它可以与gephi交互可视化。每个条件和显著基因有一个节点。边缘表示在某个条件下发现基因的位置，连接两个节点。然后，这很好地显示了共享操作机制的网络。
一个基因由一行表示。
所以只有在每种情况下都能找到的基因（共同的行为模式）才在文件中。基因由1行表示。
您可以获取多个gene_report.csv文件并对其执行set操作。如果你知道一些条件应该合并在一起，因为机制是相同的。
```
用法：albatradis-gene_reports[选项]gene_report1.csv gene_report2.csv…
操作gene_report.csv文件，例如执行set操作
ORT电子表格
可选参数：
-h，--help显示此帮助消息并退出
--前缀前缀，-o前缀
输出目录前缀（默认：输出）
--详细，-v打印有关分析的更多信息，同时
运行（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出
````
ort.csv文件。每个条件都有一个。
_csv文件，由所有输入文件的并集组成。一个基因由一行表示。
所以只有在每种情况下都能找到的基因（共同的行为模式）才在文件中。一个基因由一行表示。
作为质量控制指标，查看数据是否有偏差是很有用的。基本上，您采用滑动窗口，计算每个窗口中的读取次数，然后根据其他条件和其他条件绘制这些值。这是一个对数刻度，异常值是有趣的点。
```
用法：albatradis scatter plot[选项]--控件1.plot--控件2.plot--条件1.plot--条件2.plot
所有参数：
-h，--help显示此帮助消息并退出
--控件，-c控件
控件文件（使用2个或更多）（默认值：无）
--条件条件条件，-d条件
条件文件（使用2个或更多）（默认值：无e）
--窗口大小窗口大小，-w窗口大小
窗口大小（默认值：50）
--输出文件输出文件，-o输出文件
输出文件名前缀（默认值：散点）
--正常化，-n使文件正常化（默认值：false）
--verbose，-v在运行时打印出更多信息（默认值：
false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出插入控件的站点图，其中必须有2个或更多。
间隔设置为窗口大小。
uu output file：输出文件前缀。
n png格式。
它被用作albatradis的一部分——使用注释特性，因此您可能不需要它，因为注释文件保存在输出目录中。< BR>``
用法：albatradis annotation[options]embl file
age和exit
--功能大小功能大小，-s功能大小
功能大小（默认值：198）
--输出文件输出文件，-o输出文件
输出文件（默认值：output.embl）
--详细，-v打印出有关分析的详细信息当它运行时（默认值：false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的版本号并退出EMBL格式。它可以从ebi网站下载。
这将控制这些特征的大小（以碱基为单位）。
###albatradis-artemis_project
有时您希望查看artemis中的插入站点图。打开不同的复制和组合可能是一项相当手工的任务。此脚本将从电子表格生成project.properties文件，该电子表格由artemis（从当前工作目录）自动加载。这样可以更快地查看多个不同的插入站点图。
```
用法：albatradis-artemis_project[options]reference experiments_metadata.csv
创建artemis项目文件
positional arguments:
reference reference embl file
experiments_元数据实验元数据电子表格
可选参数：
-h，--帮助显示此帮助消息并退出
--控件，-c控件
控件文件（可以多次使用）（默认值：无）
--输出文件输出文件，-o输出文件ile
输出文件名（默认值：project.properties）
--verbose，-v在运行时打印出更多信息（默认值：
false）
--调试打开调试（默认值：false）
--版本显示程序的v版本号和出口
```
可从EBI网站下载。
artemis项目文件的名称。如果你改变了这一点，那么artemis就不能工作了。
NSE）。
反馈/问题
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