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我有这样的遗传学数据： MUT1 G_->_A_(het) 44%_(96)___[45%_(49)_/_43%_(47)] rs1799967_(Gene_file;_100 ...

2024-05-13 已阅读: n次

我有一个计算问题。你知道吗我正在使用python迭代2个csv文件。你知道吗 csv file1=包含（6-7）列。。重要的一列是dbSNP中的一个“rsid”列。你知道吗 csv file2=3列 ...

2024-05-13 已阅读: n次

我有一个csv文件，有90万行和30列。标题位于第一行： “探针集ID”、“dbSNP RS ID”、“染色体”、“物理位置”等。。。在我只想用pandas提取某些列。在现在我的问题是头文件每隔5 ...

2024-05-13 已阅读: n次

我有一个python代码，我试图将一个包含行中变量信息的文本文件转换为一个variant调用格式文件（vcf），以便进行下游分析。在我得到的一切都是正确的，但当我试图运行代码时，我错过了前两个条目， ...

2024-05-13 已阅读: n次

我已经编程几个月了，所以我不是专家。我有两个巨大的文本文件（omni，~20gb，~2.5M行；dbSNP，~10gb，~60M行）。它们有前几行，不一定用制表符分隔，以“#”（标题）开头，其余行以制 ...

2024-05-13 已阅读: n次

我有一个数据表，dbSNP rs id为行，samples为列，格式如下： dbSNP Sample Sample Sample Sample Sample Sample rs100000 ...

2024-05-13 已阅读: n次

我想用pandas从多列数据帧中提取一列的全部内容，但我只得到了该列的一部分。在我使用的代码是： import pandas import csv data = pandas.read_csv('d ...

2024-05-13 已阅读: n次

我有这样的结构： >>>test_3.find_one({"humsavar.Disease": {"$exists": True}}, {"humsavar":True, "_i ...

2024-05-13 已阅读: n次

我正在创建一个脚本，该脚本接受一个csv文件，该文件的列组织和列名称未知。但是我知道只有一列包含str'rs'和'del'出现的一些值我需要创建一个额外的列（称为“Type”）并在找到“rs”的行中 ...

2024-05-13 已阅读: n次

我有一个非常大的文件（包含dbSNP ID），包含100万行，每个行包含一个字符串，另一个更大的文件（.vcf）包含6亿行，每个行包含7-8列。你知道吗我想在大文件中找到小文件的每一行的第一个匹配项 ...

2024-05-13 已阅读: n次

未配对样本的体细胞变异鉴定数据格式映射读取的输入文件必须采用sam或bam格式。要排除的已知生殖系突变位置必须在词典的pickled字典中： record[(chromosome, posi ...

2024-05-13 已阅读: n次

PYDBSNP 与DBSNP VCF数据接口安装 step 0（可选）：如果不想使用环境变量不要在意pydbsnp在引擎盖下是如何工作的，跳过这一步。如果愿意，可以确定pydbsnp查找相关内容 ...

2024-05-13 已阅读: n次

简介 MyVariant.Info提供简单易用的REST web服务来查询/检索genetic 变量注释数据它的设计简单，注重性能。 myvariant是一个易于使用的python包装器，用于 ...

2024-05-13 已阅读: n次

使用多种工具（例如vep、snpeff和snpsift）和数据库（例如1000genomes、dbsnp和dbnfsp）的vcf的python注释框架。此包Pyt ...

2024-05-13 已阅读: n次