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Python eutils
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最新问答
我正试图爬过ncbi eutils webpage。我想从web上抓取Id列表，如下所示：
代码如下：
import requests
from bs4 import BeautifulSo ...
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我收集了大约2000个GI编号，我需要把它们映射到HGNC（又名HUGO）的基因名上。在
作为数据分析管道的一部分，我将来将不得不重复做一个类似的映射，所以我想用编程的方式来做这个映射（而不是在一些交 ...
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我正在使用urllib和ElementTree解析来自pubmed的xmlapi调用。在
例如：
#Imports Modules that can send requests to URLs
#P ...
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基本上我所做的就是使用urllib.请求要对pubmed进行API调用，将接收一个XML文件作为返回，但我尝试解析它却没有成功。在
我尝试过使用元素树和其他模块，但没有成功。我认为XML对象本身可能有 ...
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eutils包表单NCBI为特定请求返回以下对象。我想从中提取值245540。我该怎么做
[{u'LinkSetDb' : [{u'DbTo' : 'sra',
...
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我正在编写一个Python脚本（从here修改并在下面报告）在publibmed上搜索某所大学的论文数量，并下载合作者的从属关系。如果我运行代码，而不是我得到的从属关系<Element 'Aff ...
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我不熟悉使用bioservicesPython包。现在我将使用它来检索两个引用的PMID，给定指定的信息，这是我尝试过的代码：
from bioservices import EUtils
s = E ...
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我正在使用feedparser处理pubmed提供的RSS
提要链接是https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/erss.cgi?rss_guid=1 ...
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我试图从xmlrss提要的“Description”元素中提取“Abstract”子字符串。代码段：
import feedparser
rss = 'https://eutils.ncbi.nlm ...
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我想对Pubmed的Eutils服务进行一些查询。如果我在网站上运行它们，我会得到一定数量的返回记录，在本例中是13126（link to pubmed）。在
不久前，我用一个python脚本来构建一 ...
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我对python的世界相当陌生，感觉好像我在过度复杂我所产生的脚本，有没有什么方法可以简化它，或者有什么技术可以被合并到我不知道的地方(抱歉，如果这是过于含糊）
#!/usr/bin/python
i ...
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这里是Python newby。在
我正在开发一个简单的DNA序列搜索程序。其主要思想是从NCBI数据库中获取特定基因组和起始点的不同序列。到目前为止，我能够简单地搜索一个基因组和一个特定的位置：
` ...
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最新项目
bio-eutils是entrez的独立版本
以及medline biopython（http://www.biopython.org）模块。它用于访问
到ncbi e-utilities（http: ...
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eutils是一个python包，用于简化搜索、获取和
使用ncbi的E-utilities接口解析记录。
新闻
0.5.0于2018年11月20日发布。见0.5 Change Log。
...
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开始
metapub最容易使用pip安装。它完全依赖于经典python设置工具的神秘魔力：
pip install metapub
安装软件包后，您将可以使用一些 ...
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