如何解决“ECitMatch（）为参数“bdata”获取了多个值”的问题？

Question

我不熟悉使用bioservicesPython包。现在我将使用它来检索两个引用的PMID，给定指定的信息，这是我尝试过的代码：

from bioservices import EUtils
s = EUtils()
print(s.ECitMatch("pubmed",retmode="xml", bdata="proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|%0Dscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"))

但它发生了一个错误：

"TypeError: ECitMatch() got multiple values for argument 'bdata'".

有人能帮我解决那个问题吗

Answer 1

我认为问题在于您有一个未命名的参数（pubmed）；如果您查看source code，您可以看到第一个参数应该是bdata；但是，如果像您这样提供参数，则不清楚bdata是"pubmed"还是命名参数bdata，因此您会得到错误

您可以使用以下最简单的示例重现它：

def dummy(a, b): 
   return a, b

dummy(10, a=3)

会回来的

TypeError: dummy() got multiple values for argument 'a'

如果删除"pubmed"，错误将消失，但输出仍不完整：

from bioservices import EUtils

s = EUtils()

print(s.ECitMatch("proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|%0Dscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"))

返回

'proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|2014248\n'

因此，只考虑第一份出版物。您可以使用the correct carriage return character\r获得这两种方法的结果：

print(s.ECitMatch(bdata="proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|\rscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"))

会回来的

proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|2014248
science|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|3026048

我认为您不必指定retmod或数据库（pubmed）；如果您查看我上面链接的源代码，您可以看到：

query = "ecitmatch.cgi?db=pubmed&retmode=xml"

所以它似乎总是使用pubmed和xml

Answer 2

这里有两个问题：syntaxic和一个bug

正确的语法是：

    from bioservices import EUtils
    s = EUtils()
    query = "proc+natl+acad+sci+u+s+a|1991|88|3248|mann+bj|Art1|%0Dscience|1987|235|182|palmenberg+ac|Art2|"
    print(s.ECitMatch(query))

实际上，与ICitMatch相关的底层服务只有一个数据库（pubmed）和一种格式（xml），因此，这两个参数不可用：有硬编码的。因此，只需要一个参数：您的查询

至于第二个问题，正如上面指出的和报告的on the bioservices issues page，您的查询将只返回一个发布。URL请求无法正确解释特殊字符%0D（代替回车符），这是一个问题。github上的最新版本或pypi网站（如果您使用的是1.7.5版）现在考虑使用此回车符（或\n\r或%0d）

感谢willigot填写生物服务页面上的问题并提请我注意

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