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关于taxid 相关联的Python项目和问题：

很抱歉这个奇怪的标题。在我正在使用eSearch&esSummary;从登录号-->；gID-->TaxID 假设“accessions”是一个包含20个登录号的列表（我一次只做20个，因为 ...

2024-05-24 已阅读: n次

我在功能强大的服务器上使用ete2模块已经有一段时间了。一切都很好，直到它开始运行非常缓慢（每分钟一个get_taxid_translator()函数），现在我甚至无法通过ncbi = NCBITa ...

2024-05-24 已阅读: n次

我有两个数据帧，例如：出租车 acc_number taxi YP_001378452 2345 YP_001650052 5678 YP_009446812 5435 YP_002192 ...

2024-05-24 已阅读: n次

在下面的文件中，我有3次出现'.1'。我想删除最后一个文件，并将文件的其余部分写入一个新文件。请建议一些用PYTHON实现的方法，谢谢大家。你知道吗 d1dlwa_ a.1.1.1 (A:) P ...

2024-05-24 已阅读: n次

好吧，我对这类事情还不太熟悉，所以请容忍我。你知道吗我有两个文件： search_results_accesions.txt是一个标识符列表，每行一个。它看起来是这样的（注意不是所有的标识符都以“N ...

2024-05-24 已阅读: n次

我正在使用以下脚本： import csv import time import sys from ete3 import NCBITaxa ncbi = NCBITaxa() def get_d ...

2024-05-24 已阅读: n次

我正试着做两个样本的t检验。我的数据集由744行和186列组成，我计算了它们的总和和平均值。我需要做两个样本t检验。我的csv如下所示，我必须从中计算每行的ttest和秩和测试，因为单独的行表示单独的 ...

2024-05-24 已阅读: n次

我正在分析一个文件： readID seqID taxID score 2ndBestScore hitLength queryLength numMatches A7XSJ: ...

2024-05-24 已阅读: n次

我需要在大量字符串中找到“taxid”的值，类似于下面给出的一个。对于此特定字符串，“taxid”值为“9606”。我需要抛弃所有其他的东西。“taxid”可能出现在文本中的任何位置，但后面总是跟着“ ...

2024-05-24 已阅读: n次

这个问题涉及： How to get taxonomic specific ids for kingdom, phylum, class, order, family, genus and speci ...

2024-05-24 已阅读: n次

税收 taxadb是一个本地查询ncbi分类法的应用程序。taxadb是用python编写的，并使用peewee库访问其数据库。简言之，税收：是一个查询ncbi分类法的小工具。是用 ...

2024-05-24 已阅读: n次

使用ncbi分类数据库的工具（和diamond输出）此包Python名称：ncbi-taxid 目前版本： ncbi-taxid 0.1.0 ...

2024-05-24 已阅读: n次