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关于ebi 相关联的Python项目和问题：

使用xpath获取python中的字符串列表

我被困在这条路，我需要用它来获得一些围棋条款。作为一个例子，我们可以看看这个webpage。我想从表的进程部分得到一个包含所有GO标识符的列表。我遇到的第一个问题是，表的“进程”、“函数”和“组件”部 ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何使用Python2.7从网页中提取文本？

我正在尝试从这个描述公共档案中基因组组装的网页中以编程方式提取文本： http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ERS019623 我有数千个程序集，我想追踪并提取研究记录 ...

2024-05-19 已阅读: n次

ExpatOdG，从xml获取错误：错误

我发现自己有点被下面的错误搞糊涂了 from future.standard_library import install_aliases install_aliases() from urllib. ...

2024-05-19 已阅读: n次

可以在线程内启动新进程吗？

我不熟悉多处理/多线程，我想知道您是否可以从一个线程开始一个新的进程。特别是，我有以下代码实现了一个多线程队列，以使用ftp下载数据。下载数据后，我想对下载的文件执行CPU绑定的任务，但仍要继续下载。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

工作组玩得不好

我正在尝试使用snakemake从网站下载文件，然后将它们组合在一起。在但是，我总是得到错误：Waiting at most 5 seconds for missing files. Missing ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何删除头以仅获取加密部分

pcap = rdpcap(".pcap file") for pkt in pcap: if Raw in pkt: f=pkt[Raw] print f ...

2024-05-19 已阅读: n次

循环时将项添加到Python字典

我有一个SPARQL查询输出，我想将其另存为Python字典。其中subject将是键，谓词将是包含相应宾语的主语内的键。数据如下所示： for row in tqdm(qres): if ' ...

2024-05-19 已阅读: n次

PyQt5在cx\u冻结生成时导入失败

我已经使用cx\u freeze创建了PyQt5应用程序exe。当我从Anaconda命令提示符运行exe时，它正在完美地启动应用程序，但当使用正常的windows命令提示符运行时，它抛出pyqt5d ...

2024-05-19 已阅读: n次

迭代两个dict，匹配键值并返回连接的值

我正在迭代两个字典，当我在键上找到匹配项时，我将两个字典中的值连接起来，创建一个url，并将结果存储在一个新列表中 database_dict是静态的，永远不会更改。但是，第二个字典cross_ref ...

2024-05-19 已阅读: n次

从在线.txt文件中仅下载某些行

基因组注释存储在大的纯文本文件中，例如https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/FO203355&display=textc 我只想提取以“FT”开头的行。因为我 ...

2024-05-19 已阅读: n次

使用Python从xml文件中出现的第二个标记检索数据

我正在用简化的scrapy库解析xml文件。我需要从第二个<xref-list />检索信息。但是，文件中的每个条目都包含一个或两个<xref-list />，它们都引用不同的 ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何从嵌套的JSON字典生成DataFrame

我正在尝试用这个地址的所有值创建一个数据帧：https://www.ebi.ac.uk/pdbe/api/pisa/interfacecomponent/3gcb/0/1/energetics。但是我 ...

2024-05-19 已阅读: n次

scipion-empiar-depositor

Scipion Empiar Depositor================本项目是一个Scipion插件，用于向“Empiar<；https://www.ebi.ac.uk/pdbe/em ...

2024-05-19 已阅读: n次

ols-client

用于访问本体查找服务的restful api的python包装器安装从pypi安装最新的稳定版本 $ python3 -m pip install ols_client 直接从github安装 ...

2024-05-19 已阅读: n次

ebi

弹性豆茎智能，简单的cli工具，用于带docker的弹性豆茎。更直观地部署应用程序没有git集成可切换Dockerrun.aws.json 可切换.ebextensions/ 安装 p ...

2024-05-19 已阅读: n次

shibari

将函数绑定到只在所需范围内运行一次。文档 rig类公开了两个方法：bind和free。bind接受一个参数：用于绑定函数的作用域的名称。用bind包装的函数将只调用一次，直到它所在的作用 ...

2024-05-19 已阅读: n次

gwas_wrapper

用于与nhgri-ebi gwas目录交互的python包装器此包Python名称：gwas_wrapper 目前版本： gwas_wrapper ...

2024-05-19 已阅读: n次

pyUSIrest

python usi提交rest api python usi submission rest api包含与embl-ebi交互的所有方法统一提交界面自由软件：GNU通用公共许可v3 ...

2024-05-19 已阅读: n次

chembl_compatibilit

chembl_compatibility这是在英国剑桥embl-ebi的chembl group开发的chembl_compatibility包。这个包在迁移和核心模型以及迁移创建的数据库之间提供了一 ...

2024-05-19 已阅读: n次

pybel-ols

pybel[1]扩展，用于使用ebi[2]本体构建bel资源查找服务。安装获取最新使用以下命令从GitHub下载最新代码： $ pip install git+https://github ...

2024-05-19 已阅读: n次

ebi-ols-client

2024-05-19 已阅读: n次

leen

leen 判断ebi代码是否与句子对应的包要求火炬8 python>；=3.5 安装您可以使用pip安装我们的软件包，类似于其他软件包 pip3 install leen impor ...

2024-05-19 已阅读: n次

ebisearch

用于与ebi search的api交互的python库此包Python名称：ebisearch 目前版本： ebisearch 0.0.3 ...

2024-05-19 已阅读: n次

pygenprop

用于编程使用ebi interpro基因组属性的python库。此包Python名称：pygenprop 目前版本： pygenprop 0.5 ...

2024-05-19 已阅读: n次