- 当前热门话题：
Python snakemake
-
本站为您提供最新、最全的snakemake的Python教程、文档、代码、资源等相关内容，Python中文网技术交流社区同时还提供学习资源下载，
如：电子书、IDE编辑器软件、编程视频、代码规范标准、WEB开发、GUI、科学计算与人工智能等相关内容。
本文网址：https://www.cnpython.com/tags/282460
欢迎加入QQ群-->： 979659372
关于snakemake 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我是这个领域的新手，很抱歉可能会犯愚蠢的错误。
我与snakemake合作，因此我按照他们的指示创建了一个conda环境：
conda install -c conda-forge mamba
mam ...
已阅读: n次
默认snakemake作业脚本如下所示：
#!/bin/sh
# properties = {properties}
{exec_job}
我对其进行了一些修改，以打印一些有用的信息：
#!/bin ...
已阅读: n次
我正在从shell脚本调用Snakemake工作流。
但首先我需要激活一个包含snakemake和其他已安装库的环境
source ${CONDA_HOME}/etc/profile.d/conda. ...
已阅读: n次
snakemake删除所有标记为临时的输出文件，但如果输出是如下所示的目录，则不会对这些文件执行任何操作：
rule all:
input:
'final.txt',
che ...
已阅读: n次
我尝试使用snakemake创建一个简单的管道，从web下载两个文件，然后将它们合并到一个输出中。在
我认为可以使用以下代码：
dwn_lnks = {
'1': 'https://molb7 ...
已阅读: n次
我正在使用R和网状库在一个以R为主的项目中运行一些python代码。我的目标是以某种方式将snakemake工作流包装到R脚本中，以便Snakefile使用与R代码其余部分相同的环境。如果它是一个正则 ...
已阅读: n次
为了运行Snakemake工作流，我用python3.5创建了Conda环境。我在蛇咬规则中使用了单独的Conda环境。我想使用python2 libs运行其中一个，但是在这里我似乎无法导入特定的模块 ...
已阅读: n次
我在使用snakemake是新手，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有几对1。速成gz&；\u 2。速成gz我想对大约10对速成gz. 所以我写了一个蛇形文件。在
import ...
已阅读: n次
几年前，当我得知我可以用shebang创建一个Makefile可执行文件时，我欣喜若狂：
#!/usr/bin/env make -f
这样我就可以用./my-pipeline而不是make -f ...
已阅读: n次
我正在尝试使用snakemake运行一个Snakefile，当我进入正确的目录并键入
conda create --name durp python=3.5
snakemake
但是，如果我现在使用 ...
已阅读: n次
我已经编写了Snakemake规则，它运行Muscle（MSA工具）来计算目录中所有文件的多序列比对（MSA）。由于不同的文件彼此不依赖，因此该任务基本上是并行的。问题是，Snakemake在n个“批 ...
已阅读: n次
我将演示一个简单的例子，我有两个文件命名为a.map和a.ped这是plink格式。我想使用两个命令，第一个转换为bfile格式，第二个转换为raw格式。你知道吗
我的文件：a.map，a.ped：
...
已阅读: n次
最新项目
固体
solida是命令行解决方案，有助于ngs管道的可复制性和可移植性。它可以方便地组织部署、数据管理和基于snakemake的工作流的执行。
安装
您可以从pypi安装最新的稳定版本
pip in ...
已阅读: n次
蛇形刻度
数据管道语言snakemake的非严格包装。
❯ pip install 'snakescale[full]'
功能：
使用official wrapper reposi ...
已阅读: n次
文件流
没有样板的文件处理管道。
FileFlow结合了来自
Luigi，
Snakemake，和
Dask，便于创建可复制的
可扩展的数据分析。
安装
pip install fileflow
这 ...
已阅读: n次
python版本
此项目当前正在使用Python2.7
安装
建议使用virtualenv创建干净的python环境。
要安装ngs snakemake，请使用pip：
pip install ...
已阅读: n次
===wbuild==…_用户概述：overview——wbuild就是让您的一天更容易解析、更新和级联各种依赖项、管道规则和代码结构。该程序允许您在r代码的yaml头中指定所有需要的信息，并让自动： ...
已阅读: n次
kdm snakemake帮助程序：经常在snakefiles中使用的代码
此包Python名称：kdm-snakemake-helpers
目前版 ...
已阅读: n次
路径模板程序 ...
已阅读: n次
一个小型的帮助工具库，用于设置、绘制和使用snakemake规则。
自由软件：麻省理工学院许可证
文档：https://snaketools.readthedocs.io。
功能
...
已阅读: n次
蛇形坑
轻松获取snakemake模板规则。 ...
已阅读: n次
snakemake是一个工作流管理系统，旨在通过提供一个快速、舒适的执行环境，以及python风格的干净、现代的规范语言来降低创建工作流的复杂性。snakemake工作流本质上是由声明性代码 ...
已阅读: n次
snakemake是一个工作流管理系统，旨在通过提供一个快速、舒适的执行环境，以及python风格的干净、现代的规范语言来降低创建工作流的复杂性。snakemake工作流本质上是由声明性代码 ...
已阅读: n次
