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关于obo 相关联的Python项目和问题：

将文件解析为JSON fi的父/子格式

我想要一些关于如何为Gene ontology (.obo)解析此文件的帮助/建议我在D3中创建一个可视化，需要创建一个JSON格式的“树”文件- { "name": "flare", "des ...

2024-04-25 已阅读: n次

AttributeError:模块“networkx”没有“from_agraph”属性？

我使用GoaTools进行数据分析，我安装了所有足够的软件包，它显示了错误。我想不出来。需要帮助。使用Python 3.7.6 python plot_go_term.py --term=GO:00 ...

2024-04-25 已阅读: n次

ExpatOdG，从xml获取错误：错误

我发现自己有点被下面的错误搞糊涂了 from future.standard_library import install_aliases install_aliases() from urllib. ...

2024-04-25 已阅读: n次

用于大规模杀伤性武器相似性的循环列

我有两个数据帧。两者都有两列。我想使用wmd为列source_label中的每个实体找到与列target_label中的实体最接近的匹配项。但是，在最后，我希望有一个数据框，其中包含所有4列与实体相关 ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何在用户已经输入了键的字典中添加值？

这将是我目前正在做的练习：编写一个函数distinct_characters，以获取字符串列表作为参数。它应该返回一个字典，其键是输入列表的字符串，相应的值是键中不同字符的数量解决方案：{“检查”： ...

2024-04-25 已阅读: n次

SPARQLWrapper 查询错误：长的SELECT查询不规范

对可用于SELECT查询的查询大小是否有限制？我有一个长的SELECT查询（发布在下面），它不断抛出QueryBadFormed错误。我已经在上验证了查询sparql.org网站我已经运行了三重存储的 ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何使用Python从RDFLib读取URI？

我有几千个URIRef本体值，我正试图获取它们的字符串表示形式： [rdflib.term.URIRef('http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002219'), ...

2024-04-25 已阅读: n次

本体论与图形Python

有没有一种方法可以使用Python中的Graph-tool库从本体文件创建图形我做了一些研究，发现：图形工具不支持.owl和.rdf文件据我所知，没有明显的方法可以使用这个库将本体转换为图形（ ...

2024-04-25 已阅读: n次

程序读取多个网址，并生成一个字（应该只包含字母数字）频率标签

我正在编写一个Python程序来读取多个url并生成一个单词（一个单词只包含字母a-Za-z0-9）频率表。输出可以存储在名为url1.txt、url2.txt的文件中到目前为止，我的情况是： im ...

2024-04-25 已阅读: n次

将Windows1252字幕文件转换为utf8

我通过Ubuntu机器上的VLC播放器下载塞尔维亚语/波斯尼亚语/克罗地亚语字幕，并不断手动将æ、è和ð等字符更改为ć、č和đ，以便播放器能够正确渲染它们。我想做一个python3函数，可以为我做到这 ...

2024-04-25 已阅读: n次

从XML文件中的特定标记提取字符串

我有一个XML文件，看起来像这样：  <owl:AnnotationPr ...

2024-04-25 已阅读: n次

使用python从层次化OWL文件中提取终端子名称（或将OWL转换为JSON以简化任务）

在this页面中，我希望单击树的每个子节点，并打印出所有终端子节点（即所有可用试剂盒/系统的列表）（例如，在以下情况下，我将单击分析生物测定成分->；分析试剂盒->；打印出作为试剂盒列表的 ...

2024-04-25 已阅读: n次

GOldwasher

goldwaser是r包的轻型包装 topgo（https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html）。这个洗金机的作用仅限于 ...

2024-04-25 已阅读: n次

merp

在python中使用mer脚本。（来自MER存储库） MER是命名实体识别工具，它给出任何词典，任何输入文本都返回列表。文本中认可的术语，包括它们的确切位置（注释）。给定一个本体（owl文件 ...

2024-04-25 已阅读: n次

obonet

obonet：将obo格式的本体加载到networkx中阅读python中obo格式的本体。 obonet是用户友好没有废话 Python 现代简单且经过测试重量轻 ^{}利用这个p ...

2024-04-25 已阅读: n次

onto2nx

将owl本体和obo转换为networkx图形。从第一个版本开始，onto2nx当前依赖于 OntoSpy。我们非常感谢你 Michele Pasin为他所有的努力工作，并在 GPL3.0许可证，所 ...

2024-04-25 已阅读: n次

uberon-p

uberon-py：uberon本体的python包：construction：：construction:此包正在开发（特别是文档）：construction：：construction: 摘要 ...

2024-04-25 已阅读: n次

fastobo

fastobo-py fast，用于python中的开放生物医学本体。概述 ^{}是一个rust库，它实现了 obo文件格式1.4的可靠解析器。此扩展模块导出可用于加载、编辑 ...

2024-04-25 已阅读: n次

prefixcommons

前缀命令用于在 prefixcommons 当前功能：使用JSON-LD上下文进行扩展和收缩居里到uri 例如GO:0008150<；=>；http://purl.obolibrar ...

2024-04-25 已阅读: n次

pronto

概述 pronto是一个用于解析、创建、浏览和导出本体的python模块。一些流行的格式。目前，obo和owl/xml可用，但将来还会添加更多格式（您甚至可以添加使用当前的api）。安 ...

2024-04-25 已阅读: n次

pobo

用法 from pobo import Parser parser = Parser("file.obo") parser.headers.get("format-version") parse ...

2024-04-25 已阅读: n次

ontobio

ontobio-一个用于处理本体和关联的python api 此模块提供用于处理实体（基因、变体等）的本体论和关联本体类。本体和关联可以是本地文件，也可以由远程服务（当前OntoBee S ...

2024-04-25 已阅读: n次