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关于snv 相关联的Python项目和问题：

对dictionary中的列表进行排序，以返回与其他列表中的模式匹配的第一个值

我有一本字典和清单： list1 = ['J', 'C', 'U', 'N'] list2 = ['K', 'G', 'E', 'Q', 'V'] dictionary = {'key1': ['k ...

2024-04-29 已阅读: n次

与“”相比，子进程调用提供了不正确的参数。join（）

当我运行命令时 subprocess.call(['intersectBed','-u','-a',out_snv_filter,'-b',cds,'>',out_cds],shell=True ...

2024-04-29 已阅读: n次

在genom中插入“N”的python代码

我的代码有问题，我试图读取一个fasta文件，即“chr1.fa”，然后我有一个类似这样的变异文件 chr1 822979 822980 CLL6.08_1_snv 88.2 + ...

2024-04-29 已阅读: n次

python脚本在compute node和head nod中提供不同的输出

我编写了一个python包装器脚本，从命令行调用算法。称为vcftools.的算法的名称在vcftools中，使用当前命令行，它应该创建日志文件和结果文件。你知道吗当我在python的头部运行脚本 ...

2024-04-29 已阅读: n次

CSV和字典子集

我相信这是非常基本的，但希望我能得到回应。我已经加载了.csv文件，现在我正在尝试创建这个字典的一个子集。所以我想在col1=x和col4=y中的值都是字符串时创建一个更小的字典。如果它们恰好不等于那 ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何利用Pandas制作直方图

在这个问题中，使用pandas读取.txt文件。需要计算基因的数量，并为特定样本和每个基因的相互作用量制作直方图。你知道吗我试过使用.transpose()，也试过使用value_counts()来 ...

2024-04-29 已阅读: n次

从emai主体中提取域

我想知道是否有任何方法可以从python中的电子邮件正文中提取域名。我想用正则表达式，但我写得不太好，想知道是否有人能帮我。以下是电子邮件正文示例： <tr><td colspan= ...

2024-04-29 已阅读: n次

在python中将数组拆分为子数组

嗨，我是编程和python编程新手。我用numpy.getfromtxt导入了一个制表符分隔的txt文件，它看起来像 [['chr' 'start' 'end' 'name' 'score' 'st ...

2024-04-29 已阅读: n次

bio-hansel

包括肠道沙门氏菌属、肠道血清型海德堡、肠炎和伤寒亚型的计划。还包括结核分枝杆菌计划。由Genevi_ve Labbé、James Robertson、Peter Kruczkiewicz、Maris ...

2024-04-29 已阅读: n次

baseqSNV

#基qsnv 这个软件包包GATK4和mutect2用于从基因组测序数据预测SNV。 ##安装baseqsnv 我们需要python3和一个名为：baseq_drops的软件包，可以通过以下方式安装： ...

2024-04-29 已阅读: n次

Orange3-Variants

[orange3]（http://orange.biolab.si）的variants附加模块添加了处理vfc文件和snv数据的功能。安装要安装附加组件，请运行 pip install . 用 ...

2024-04-29 已阅读: n次

alpaca-variant-caller

羊驼是下一代测序的单核苷酸变异调用者数据，提供对错误发现率的直观控制示例过滤场景，利用CPU、GPU或任何协处理器上的OpenCL 加速计算并使用基于hdf5的迭代持久存储在几秒钟内完善分析。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

mtbparser

关于本模块这个python模块的设计目的是为不同的诊断变量信息数据提供一个简单的解析器。如何使用snvparser类按照上述格式解析snv文件相当简单。只需创建一个带有tsv文件路径的Sn ...

2024-04-29 已阅读: n次

cohorts

| pypi构建状态覆盖状态队列=队列是分析和绘制患者队列中临床数据、突变和新表位的库。它调用外部库，如`topiary<；https://github.com/hammerlab/topiar ...

2024-04-29 已阅读: n次

neoepiscope

neopiescope是从dna测序（dna-seq）数据预测新表位的软件。当大多数新表位预测软件将注意力局限于至多一个体细胞突变产生的新表位时，通常仅限于一个SNV，新表位镜使用组装的单倍型单倍型单 ...

2024-04-29 已阅读: n次

scSplit

分裂 < H3>混合单细胞RNA SEQ的基因型无解复用，使用隐藏状态模型来识别混合群体内的基因差异样本。它已用于在10x数据集上解复用3到8个样本。如何安装：安装python 3.6+ ...

2024-04-29 已阅读: n次

gvc4bam

全球价值链vcf管道： gvc-vcf是genowis为下一代测序数据中的生殖系和体细胞突变（snv，indel，sv）开发的一个管道。基本命令行参数选项： Positional Arguments ...

2024-04-29 已阅读: n次

MiScan

|标签PYPI状态文档Docker许可证。| PYPI图像：https://img.shields.io/pypi/v/miscan.svg ：alt:pypi最新版本：目标：https://py ...

2024-04-29 已阅读: n次

pyrSNVs

2024-04-29 已阅读: n次

scSplit-jon-xu

SCSPLIT < H3>混合单细胞RNA SEQ的基因型无解复用，使用隐藏状态模型来识别混合群体内的基因差异样本。它已用于在10x数据集上解复用3到8个样本。如何安装：安装python 3 ...

2024-04-29 已阅读: n次