从我的fasta文件中打印物种名称有困难
输入文件如下:
>NP_842573.1 chromosomal replication initiator DnaA [Bacillus anthracis str. Ames]
MENISDLWNSALKELEKKVSKPSYETWLKSTTAHNLKKDVLTITAPNEFARDWLESHYSELISETLYDLTGAKLAIRFIIPQSQAEEEIDLPPAKPNAAQDDSNHLPQSMLNPKYTFDTFVIGSGNRFAHAASLAVAEAPAKAYNPLFIYGGVGLGKTHLMHAIGHYVIEHNPNAKVVYLSSEKFTNEFINSIRDNKAVDFRNKYRNVDVLLIDDIQFLAGKEQTQEEFFHTFNALHEESKQIVISSDRPPKEIPTLEDRLRSRFEWGLITDITPPDLETRIAILRKKAKAEGLDIPNEVMLYIANQIDSNIRELEGALIRVVAYSSLINKDINADLAAEALKDIIPNSKPKIISIYDIQKAVGDVYQVKLEDFKAKKRTKSVAFPRQIAMYLSRELTDSSLPKIGEEFGGRDHTTVIHAHEKISKLLKTDTQLQKQVEEINDILK
输出文件的一部分如下所示(GCF…faa是文件名)
Y,2.798738459583378,GCF_000014005.1_ASM1400v1_protein.faa
我真的很想打印物种名称[炭疽杆菌str.Ames]和文件名。你知道吗
我需要编辑的行是:
file.write ('\nY,' + str(pY) + ',' + str(FILE))
打印几个变量,然后打印文件名的字符串。你知道吗
但我正在努力找到一种方法,使用biopython输出fasta文件头中方括号之间的字符串。你知道吗
正如克里斯•伦兹在评论中指出的,答案是:
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