Pandas read\u html只查找html选项卡的标题

Question

我有这张桌子：

我用熊猫来解析它：

s = '<table id="datatable"><tr><th onclick="sortTable(0)">Gene locus</th><th onclick="sortTable(1)">Organism</th><th onclick="sortTable(2)">Found in</th><th onclick="sortTable(3)">Gene name</th><th onclick="sortTable(4)">AA mutation</th><th onclick="sortTable(5)">Drug</th><th onclick="sortTable(6)">Tandem repeat name</th><th onclick="sortTable(7)">Tandem repeat sequence</th><th onclick="sortTable(8)">Reference</th></tr><td>ASPNIDRAFT_55947</td><td>Aspergillus niger</td><td>Animal - Human</td><td>CYP51a</td><td>R228Q </td><td>Posaconazole</td><td></td><td><div style="word-wrap: break-word;max-width: 250px;"></div></td><td><a href="http://jcm.asm.org/content/54/9/2365.full">10.1128/JCM.01075-16</a></td></tr></table>'
table = pandas.read_html(s)[0]
print(table)

但是这给了我：

Empty DataFrame
Columns: [Gene locus, Organism, Found in, Gene name, AA mutation, Drug, Tandem repeat name, Tandem repeat sequence, Reference]
Index: []

很明显，在头（<th>..）下面有一个填充行（<tr>...），所以我无法找出哪里出错了，更重要的是我如何正确地读取表。你知道吗

（另请注意，我无法从我现在所在的国家访问Imgur，如果链接不合适，请随意更改，或者告诉我如何更改）

Answer 1

在第一个<td>之前缺少一个<tr>

这是正确的字符串

s = '<table id="datatable"><tr><th onclick="sortTable(0)">Gene locus</th><th onclick="sortTable(1)">Organism</th><th onclick="sortTable(2)">Found in</th><th onclick="sortTable(3)">Gene name</th><th onclick="sortTable(4)">AA mutation</th><th onclick="sortTable(5)">Drug</th><th onclick="sortTable(6)">Tandem repeat name</th><th onclick="sortTable(7)">Tandem repeat sequence</th><th onclick="sortTable(8)">Reference</th></tr><tr><td>ASPNIDRAFT_55947</td><td>Aspergillus niger</td><td>Animal - Human</td><td>CYP51a</td><td>R228Q </td><td>Posaconazole</td><td></td><td><div style="word-wrap: break-word;max-width: 250px;"></div></td><td><a href="http://jcm.asm.org/content/54/9/2365.full">10.1128/JCM.01075-16</a></td></tr></table>'

现在可以了。你知道吗

Answer 2

固定：

s = '<table id="datatable"><tr><th onclick="sortTable(0)">Gene locus</th><th onclick="sortTable(1)">Organism</th><th onclick="sortTable(2)">Found in</th><th onclick="sortTable(3)">Gene name</th><th onclick="sortTable(4)">AA mutation</th><th onclick="sortTable(5)">Drug</th><th onclick="sortTable(6)">Tandem repeat name</th><th onclick="sortTable(7)">Tandem repeat sequence</th><th onclick="sortTable(8)">Reference</th></tr><tr><td>ASPNIDRAFT_55947</td><td>Aspergillus niger</td><td>Animal - Human</td><td>CYP51a</td><td>R228Q </td><td>Posaconazole</td><td></td><td><div style="word-wrap: break-word;max-width: 250px;"></div></td><td><a href="http://jcm.asm.org/content/54/9/2365.full">10.1128/JCM.01075-16</a></td></tr></table>'
table = pandas.read_html(s)[0]
print(table)

您在第一个</tr>标记之后缺少了一个<tr>标记。你知道吗

输出：

         Gene locus  ...             Reference
0  ASPNIDRAFT_55947  ...  10.1128/JCM.01075-16

[1 rows x 9 columns]