将特定行从CSV文件迭代复制到新fi

Question

我有一个大的以制表符分隔的csv文件，格式如下：

#mirbase_acc    mirna_name  gene_id gene_symbol transcript_id   ext_transcript_id   mirna_alignment gene_alignment  mirna_start mirna_end   gene_start  gene_end    genome_coordinates  conservation    align_score seed_cat    energy  mirsvr_score

我想做的是遍历行并根据“gene_id”字段中的数据（字符串）选择项，然后将这些行复制到一个新文件中。

我是一个Python怪，我想这是一个很好的方法让我的脚湿，但它比它看起来更难！我一直在尝试使用csv包来操作文件，使用dictreader和dictwriter读写基本内容。如果有人能帮我想出一个迭代搜索方面的模板，我将不胜感激。到目前为止我有：

import csv

f = open("C:\Documents and Settings\Administrator\Desktop\miRNA Scripting\mirna_predictions_short.txt", "r")
reader = csv.DictReader(f, delimiter='\t')
writer = open("output.txt",'wb')
writer = csv.writer(writer, delimiter='\t')

然后迭代位，bleurgh：

for row in reader:
    if reader.gene_id == str(CG11710):
        writer.writerow

这显然行不通。有没有更好的方法来构建这个？？

Answer 1

python中的字典的地址与dictionary['key']类似。所以对你来说就是读者。字符串也用引号“text”声明，不像str（text）。str（text）将尝试将变量文本中存储的内容转换为字符串，这不是我认为您想要的。writer.writerow也是一个函数，函数接受参数，因此需要执行writer.writerow（row）。

Answer 2

你快到了！代码几乎是正确的：）

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访问dicts如下：

some_dict['some_key']

而不是：

some_object.some_attribute

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创建字符串不是用str(...)完成的，而是用CG11710这样的引号完成的

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就你而言：

for row in reader:
    if row['gene_id'] == 'CG11710':
        writer.writerow(row)