使用python提交作业

Question

我正在尝试使用python脚本提交我们研究所集群中的作业。

 compile_cmd = 'ifort -openmp ran_numbers.f90 ' + fname \
                  + ' ompscmf.f90 -o scmf.o'
 subprocess.Popen(compile_cmd, shell=True)

 Popen('qsub launcher',shell=True)

问题是，系统在这一点上是悬而未决的。上面的剧本有明显的错误吗？代码中提到的所有文件都在该目录中可用（我已经交叉检查过了）。qsub是一个用于向集群提交作业的命令。fname是我在该过程中创建的文件的名称。

Answer 1

你有什么错误吗。因为你好像错过了第二个Popen的“子流程。”。

Answer 2

我有一个脚本，用于使用qsub向集群提交多个作业。qsub通常以表单的形式接受作业提交

qsub [qsub options] job

在我的工作中，job通常是bash（.sh）或python脚本（.py），它实际调用要在每个节点上运行的程序或代码。如果我想提交一个名为“test_job.sh”的工作，并且有最长的walltime，我会的

qsub -l walltime=72:00:00 test_job.sh

这相当于以下python代码

from subprocess import call

qsub_call = "qsub -l walltime=72:00:00 %s"
call(qsub_call % "test_job.sh", shell=True)

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或者，如果你有一个bash脚本

#!/bin/bash

filename="your_filename_here"
ifort -openmp ran_numbers.f90 $filename ompscmf.f90 -o scmf.o

然后通过qsub job.sh提交？

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编辑：老实说，最佳的作业排队方案因集群而异。简化作业提交脚本的一个简单方法是找出每个节点上有多少CPU可用。一些较新的排队系统允许您提交多个单CPU作业，它们将尽可能少地在节点上一起提交这些作业；但是，一些较旧的集群不会这样做，因此提交多个单CPU作业是不可取的。

假设集群中的每个节点都有8个CPU。你可以像写剧本一样

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1;ppn=8

for ((i=0; i<8; i++))
do
    ./myjob.sh filename_${i} &
done
wait

这样做的目的是一次在一个节点上提交8个作业（&表示在后台执行），并等待所有8个作业完成。对于每个节点有多个CPU的集群（例如，我使用的一个集群每个节点有48个CPU），这可能是最佳的。

或者，如果提交多个单核心作业是最佳的，而上面的提交代码不起作用，那么可以使用python生成bash脚本以传递给qsub。

#!/usr/bin/env python
import os
from subprocess import call

bash_lines = ['#!/bin/bash\n', '#PBS -l nodes=1;ppn=1\n']
bash_name = 'myjob_%i.sh'
job_call = 'ifort -openmp ran_numbers.f90 %s ompscmf.f90 -o scmf.o &\n'
qsub_call = 'qsub myjob_%i.sh'

filenames = [os.path.join(root, f) for root, _, files in os.walk(directory)
                                   for f in files if f.endswith('.txt')]
for i, filename in enumerate(filenames):
    with open(bash_name%i, 'w') as bash_file:
        bash_file.writelines(bash_lines + [job_call%filename, 'wait\n'])
    call(qsub_call%i, shell=True)