在水蟒环境中加入BioNetGen

Question

我正在尝试将PySB与Anaconda3和Windows7一起使用。我已经将相关的依赖项（numpy、scipy、sympi、perl）添加到工作环境中。不过，我正在为BioNetGen项目而挣扎。我已经下载了它，并添加了BNG的路径，但我无法将其添加到我的环境中。在

以下是我尝试过的：

>conda search bionetgen

Using Anaconda Cloud api site http....
Fetching package metadata...

然后什么也没发生。在

^{pr2}$

则错误消息：

Could not find a version that satisfies the requirement bionetgen (from versions: )
No matching distribution found for bionetgen

最后，我试着：

>easy_install bionetgen
Processing bionetgen...
error: could not find a setup script in C:\....

不过，我可以手动打开BioNetGen程序并获得gui，因此我假设它已正确安装。我只是不知道怎么把它加到Python身上。BioNetGen在perl上运行的问题是什么？在

有一个虚拟框可用于可视化pysb模型，但我更愿意手动安装依赖项。在

谢谢你的帮助！在

Answer 1

是的，BioNetGen本身是用Perl编写的，因此不能通过pip或其他Python包管理器进行安装。您需要为您的平台下载BioNetGen command-line interface，然后按照PySB installation documentation中的说明将其安装到PySB可以找到的位置：

Rename the unzipped BioNetGen-x.y.z folder to just BioNetGen and move it into /usr/local/share (Mac or Linux) or C:\Program Files (Windows). If you would like to put it somewhere else, set the BNGPATH environment variable to the full path to the BioNetGen-x.y.z folder.

你提到了BioNetGen“GUI”，这让我相信你下载的是rulebendergui界面，而不是命令行工具。PySB文档没有明确指出您需要命令行工具，我们肯定会纠正这种疏忽。在