在Linux服务器上使用qsub时如何导入argparse？

Question

我想使用CoNIFER，这是一个用于生物信息学的python程序。在

所以，我为qsub写了一个剧本，因为我的研究所的规定。在

这是我的qsub脚本。我在前面插入了enter，以显示清楚。在

#!/bin/bash
#$ -N oh
#$ -cwd
cd /usr/etc/GRAPE_ENV/Python/
python /home/osj118/tools/conifer_v0.2.2/conifer.py rpkm
--probes/home/osj118/input/GBM/Gastric/Exome_probe/Exome_probe_capture_library_coordinate.txt
--input /scratch/Gastric_cell_bam/AGS_2.fastq.gz_Illumina_exome_Exome.RGadded.marked.realigned.fixed.recal.bam
--output /home/osj118/output/AGS_rpkm.txt
cd /home/osj118/pyscripts

针叶树不工作并显示错误消息

ImportError: No module named argparse

我已经使用了sys.append.path函数，但它没能解决我的问题。在

奇怪的是，当我运行批处理作业时，CoNIFER工作正常，没有任何错误消息。在

由于批处理作业违反了规则，我想使用qsub在Linux服务器上工作。在

请给我解决这个问题的办法。在

Answer 1

这闻起来像Python的问题。pythonpath确定python可以在哪里找到所需的模块。如果您在目录中安装了CoNIFER及其使用的包，那么Python只会在pythonpath上找到这些包。在

可以按如下方式指定pythonpath：

export PYTHONPATH=/安装CoNIFER的目录

Answer 2

最终，它并没有解决错误问题。在

然而，当我在CoNIFER脚本中手动添加以下代码时，它起作用了。在

import sys
sys.path.append(where your library located)

我不知道怎么了。在

但是，对于类似的案件，这应该是一个暂时的、快速的解决办法。在