如何使用Python部分地复制一个Hdf5文件到一个新的文件中，并保持相同的结构？

Question

我有一个大的hdf5文件，看起来像这样：

A/B/dataset1, dataset2
A/C/dataset1, dataset2
A/D/dataset1, dataset2
A/E/dataset1, dataset2

。。。

我只想创建一个新文件： A/B/数据集1，数据集2 空调/数据集1，数据集2

在python中最简单的方法是什么？

我做到了：

fs = h5py.File('source.h5', 'r')
fd = h5py.File('dest.h5', 'w')
fs.copy('group B', fd)

问题是我得到dest.h5：

B/dataset1, dataset2

我错过了一部分树丛。

Answer 1

fs.copy('A/B', fd)不会将路径/A/B/复制到fd，它只复制组B（如您所发现的那样！）。因此，首先需要创建路径的其余部分：

fd.create_group('A')
fs.copy('A/B', fd['/A'])

或者，如果你经常使用这个组：

fd_A = fd.create_group('A')
fs.copy('A/B', fd_A)

这将B组从fs['/A/B']复制到fd['/A']：

In [1]: fd['A/B'].keys()
Out[1]: [u'dataset1', u'dataset2']

有一种自动的方法：

# Get the name of the parent for the group we want to copy
group_path = fs['/A/B'].parent.name

# Check that this group exists in the destination file; if it doesn't, create it
# This will create the parents too, if they don't exist
group_id = fd.require_group(group_path)

# Copy fs:/A/B/ to fd:/A/G
fs.copy('/A/B', group_id, name="G")

print(fd['/A/G'].keys())
# [u'dataset1', u'dataset2']