从fasta序列制作表格，使用python

Question

我有大约500个fasta格式的蛋白质序列，我从blastp搜索中得到。从这些序列中，我需要有蛋白质名称，有机体，Uniprot ID，如果可能的话还有蛋白质家族，这样我就可以用这些信息建立一个表格。在

我有没有办法用python来做呢？一些与Uniprot通信的功能？如何解析来自fasta头的信息？在

Answer 1

您应该看看拥有FASTA解析器的Biopython。解析之后，您可以使用pandasDataFrame来构建一个表。如果没有一个示例数据片段，很难提供更全面的答案，但是用大约5行代码应该是可行的：）

from Bio import SeqIO
with open("example.fasta", "rU") as handle:
    print list(SeqIO.parse(handle, "fasta"))